Simulaciones de dinamica molecular de bicapas con concentración variable de POPC en ausencia de fluralaner

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dc.conicet.datoinvestigacionid16735
dc.conicet.justificacionDatos creados por computadora.
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dc.conicet.tituloRelacionInteraction of fluralaner with binary model membranes. Potential implications in the selectivity for invertebrates/vertebrates
dc.datacite.ContributorNameMiguel, Virginia
dc.datacite.ContributorNameSánchez, Mariela Eugenia
dc.datacite.ContributorNameGarcia, Daniel Asmed
dc.datacite.ContributorTypeDataCurator
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dc.datacite.CreatorAsis Rodriguez, Marcos Alberto
dc.datacite.DateTypeCreado
dc.datacite.DescriptionTypeMétodos
dc.datacite.PublicationYear2024*
dc.datacite.affiliationUniversidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica
dc.datacite.affiliationConsejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas
dc.datacite.affiliationUniversidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica
dc.datacite.affiliationConsejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas
dc.datacite.affiliationConsejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas
dc.datacite.affiliationUniversidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica
dc.datacite.affiliationConsejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas
dc.datacite.affiliationUniversidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica
dc.datacite.date2022
dc.datacite.descriptionSe utilizó una metodología para realizar Simulaciones de Dinámica Molecular (SDM) de detalle atómico (All Atom, AA), empleando el campo de fuerza Stockholm lipids (Slipids) y el software GROMACS. Inicialmente, se llevó a cabo la equilibración del sistema mediante una minimización energética utilizando el algoritmo steepest descent, seguida de seis pasos de equilibrio. Estos pasos incluyeron dos simulaciones en ensamble NVT con restricciones variables sobre el movimiento de los lípidos, seguidas de cinco pasos en ensamble NPT, donde se redujeron gradualmente las fuerzas de restricción y se aumentó el intervalo de tiempo de simulación. Se aplicó el algoritmo de Berendsen para el baróstato y el termostato, manteniendo una presión semi-isotrópica de 1 bar. Posteriormente, se procedió a la producción de SDM, llevando a cabo 600 ns en ensamble NVT con un intervalo de tiempo de 0,002 fs, utilizando restricciones con el algoritmo LINCS y manteniendo la temperatura constante a 310 K mediante el termostato V-rescale. Se utilizó el baróstato Parrinello-Rahman como baño de presión y se establecieron distancias de corte para las interacciones coulómbicas y de Van der Waals. Finalmente, se verificó el equilibrio de los sistemas siguiendo la evolución de la tensión superficial, que alcanzó un valor de cero en todos los sistemas analizados. Esta metodología garantizó la estabilidad y validez de los resultados obtenidos en las simulaciones.
dc.datacite.languageenges
dc.datacite.publisherConsejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas*
dc.datacite.relacionRelatedIdentifierTypeHDL - Handle
dc.datacite.resourceTypeGeneraldataset*
dc.datacite.subjectCiencias de la Información y Bioinformáticaes
dc.datacite.subjectCiencias de la Computación e Informaciónes
dc.datacite.subjectCIENCIAS NATURALES Y EXACTASes
dc.datacite.version1.0es
dc.date.accessioned2024-06-04T11:20:46Z
dc.date.available2024-06-04T11:20:46Z
dc.date.updated2024-06-03T12:20:15Z
dc.description.abstractLos siguientes archivos constan de las trayectorias de multiples sistemas de bicapas lipídicas sometidas a simulaciones de dinámica molecular. Se construyó un sistema control de POPC puro, mientras que los sistemas binarios seleccionados de POPC-POPE y POPC-COL se realizaron con una concentración relativa de 9:1, 7:3 y 1:1, dando origen a 6 sistemas binarios. Todos cuentan con un total de 512 moléculas de lípido (256 por hemicapa), con aproximadamente 62 moléculas de H2O (TIP3p) /lípido y 0,15 M NaCl.es
dc.description.filFil: Asis Rodriguez, Marcos Alberto. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas; Argentina
dc.identifier.citationAsis Rodriguez, Marcos Alberto; (2024): Simulaciones de dinamica molecular de bicapas con concentración variable de POPC en ausencia de fluralaner. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/236933*
dc.identifier.institucionalCONICET
dc.identifier.repoCONICET Digital
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11336/236933
dc.relationtype.isSourceOfhttps://ri.conicet.gov.ar/handle/11336/236846
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/restrictedAccess*
dc.rights.licenseDatos sujetos al derecho de propiedad intelectual*
dc.subject.keywordSimulaciones de dinámica moleculares
dc.subject.keywordMembranas modeloes
dc.subject.keywordInsecticidas gabaergicoses
dc.titleSimulaciones de dinamica molecular de bicapas con concentración variable de POPC en ausencia de fluralaneres
dc.typedataset*

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