Simulaciones de dinamica molecular de bicapas con concentración variable de POPC en ausencia de fluralaner
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Fecha
Publicador:
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Fecha de depósito:
4/06/2024
Fecha de creación:
2022
Clasificación temática
Palabras clave
Resumen
Los siguientes archivos constan de las trayectorias de multiples sistemas de bicapas lipídicas sometidas a simulaciones de dinámica molecular. Se construyó un sistema control de POPC puro, mientras que los sistemas binarios seleccionados de POPC-POPE y POPC-COL se realizaron con una concentración relativa de 9:1, 7:3 y 1:1, dando origen a 6 sistemas binarios. Todos cuentan con un total de 512 moléculas de lípido (256 por hemicapa), con aproximadamente 62 moléculas de H2O (TIP3p) /lípido y 0,15 M NaCl.
Métodos
Se utilizó una metodología para realizar Simulaciones de Dinámica Molecular (SDM) de detalle atómico (All Atom, AA), empleando el campo de fuerza Stockholm lipids (Slipids) y el software GROMACS. Inicialmente, se llevó a cabo la equilibración del sistema mediante una minimización energética utilizando el algoritmo steepest descent, seguida de seis pasos de equilibrio. Estos pasos incluyeron dos simulaciones en ensamble NVT con restricciones variables sobre el movimiento de los lípidos, seguidas de cinco pasos en ensamble NPT, donde se redujeron gradualmente las fuerzas de restricción y se aumentó el intervalo de tiempo de simulación. Se aplicó el algoritmo de Berendsen para el baróstato y el termostato, manteniendo una presión semi-isotrópica de 1 bar. Posteriormente, se procedió a la producción de SDM, llevando a cabo 600 ns en ensamble NVT con un intervalo de tiempo de 0,002 fs, utilizando restricciones con el algoritmo LINCS y manteniendo la temperatura constante a 310 K mediante el termostato V-rescale. Se utilizó el baróstato Parrinello-Rahman como baño de presión y se establecieron distancias de corte para las interacciones coulómbicas y de Van der Waals. Finalmente, se verificó el equilibrio de los sistemas siguiendo la evolución de la tensión superficial, que alcanzó un valor de cero en todos los sistemas analizados. Esta metodología garantizó la estabilidad y validez de los resultados obtenidos en las simulaciones.
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CHOL10.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relacion molar 9:1, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.
344.54 MB
CHOL30.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relacion molar 7:3, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.
330.85 MB
CHOL50.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relacion Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relacion molar 1:1, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.molar 9:1, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.
315.63 MB
PE50.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:POPE con relacion molar 1:1, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.
345.97 MB
100PC.xtc
Sistema de bicapa POPC puro sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.
351.29 MB
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