Paracoccidioides versus Nuevas Tecnologías: La Batalla de los mundos

Abstract

La Paracoccidioidomicosis es una micosis sistémica severa que afecta a Latinoamérica. Puede presentarse desde formas subclínicas hasta fatales, con una evolución especialmente rápida en niños. Los casos se localizan principalmente en las zonas agrarias, ya que el agente causante, el hongo de género Paracoccidioides, surge al ser removidos los suelos ingresando al sistema respiratorio de las personas. En Argentina, las áreas endémicas son el NEA y el NOA. Debido a la distancia a los centros de salud con personal capacitado para su detección, la baja carga fúngica en las muestras, la dificultad para el cultivo y la extracción de su ADN y la similitud de la sintomatología con otras enfermedades, el diagnóstico suele ser tardío (Giusiano et al., 2023). El género Paracoccidioides se compone de especies crípticas cuya clasificación actual se basa en secuenciar el genoma completo mediante la tecnología Illumina. Este abordaje ha superado los numerosos intentos previos de identificación por biología molecular arrojando 2 grandes grupos: por un lado, el complejo P. brasiliensis, que a su vez se compone de las especies S1a, S1b, PS2, PS3 y PS4; y por el otro P. lutzii (de Melo Teixeira et al., 2020). Es importante tener presente que, a lo largo de la historia, los intentos de clasificación han dependido de las tecnologías disponibles. El ciclo de vida de las tecnologías implica las siguientes etapas, a considerar a la hora de tomar decisiones de inversión respecto a la economía de recursos: emergente, entrante, clave, madura y en declive. Es menester identificar el momento de inflexión en donde la decisión de invertir o cambiar de tecnología tendrá que ver con los pronósticos de senescencia de la vigente y el establecimiento de una nueva. Esto, a su vez, se relaciona con la disponibilidad de conocimiento libre y el privatizado. A medida que una tecnología se acerca a su declive y se prevé su reemplazo por una nueva, la información sobre la primera suele liberarse mientras se restringe el de la segunda por parte de la empresa hegemónica, en el afán de limitar la competencia y asegurarse la exclusividad de los réditos económicos (Zartha et al, 2017). Al mismo tiempo, son condicionantes los sistemas facilitadores político-institucionales, empresariales, f inancieros, sectoriales y el capital 19 humano (Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, 2022). Recientemente ha surgido una nueva tecnología de secuenciación, Oxford Nanopore Technology (ONT), con la que hemos podido secuenciar una muestra de Paracoccidioides del cepario del IMR. Para ello, fue necesario optimizar un protocolo de extracción de ADN que asegure un suministro de ADN de alta calidad y gran cantidad, requisito fundamental para lograr una secuenciación exitosa con esta tecnología. Posteriormente, hemos realizado un ensamblado genómico de novo alcanzando un tamaño similar a los obtenidos con la tecnología Illumina. Al mismo tiempo, hemos podido diferenciar las secuencias mitocondriales y reconstruir los cinco cromosomas del hongo encontrando una inversión en el cromosoma 5, solo posible de detectar mediante este abordaje (Lorenzini Campos et al, 2024). Por otro lado, estamos trabajando en el diseño de un método rápido y portátil de identificación del hongo, con el objetivo de disminuir los largos tiempos que usualmente requiere su identificación en la muestra de un paciente, de manera de contribuir a un tratamiento temprano. Este proyecto se ha visto especialmente retrasado por la situación actual de desfinanciamiento del sector científico nacional.