Methodology proposal for isolating fungi from Manihot esculenta Crantz storage roots with rot symptoms

Abstract

La mandioca (Manihot esculenta Crantz) es un alimento básico para millones de personas en todo el mundo, principalmente debido a sus raíces almacenadoras comestibles. Sin embargo, dichas raíces son susceptibles a la Pudrición Radical de la Mandioca (PRM), enfermedad causada frecuentemente por hongos (Fusarium, Lasiodiplodia o Phytophthora), que es una amenaza para la seguridad alimentaria en regiones tropicales y subtropicales. Una identificación precisa de los microorganismos involucrados es fundamental para mejor comprensión de la PRM. En este sentido, los métodos convencionales de aislamiento de microorganismos a partir de raíces enfermas, en particular hongos, presentan ciertas limitaciones. Por ejemplo, una incompleta esterilización superficial de las muestras puede conducir al aislamiento de colonias fúngicas no axénicas. En este trabajo, se propone una metodología modificada, que incorpora un paso de remoción de partículas superficiales y controles de esterilidad que permiten validar la eficacia de esta etapa. Nuestro método mejoró significativamente el aislamiento de colonias fúngicas axénicas a partir de raíces con síntomas de PRM en comparación con las técnicas tradicionales en tres medios de cultivo distintos. De 60 muestras procesadas por cada método, la metodología propuesta logró un porcentaje estadísticamente superior de colonias fúngicas axénicas (88.3%) en comparación con el enfoque tradicional (30%). A pesar de que el método propuesto facilitó el aislamiento microbiológico, se requiere una validación adicional para evaluar su robustez frente a distintos patógenos y condiciones ambientales.Cassava (Manihot esculenta Crantz) is a vital staple food for millions of people worldwide, primarily valued for its edible storage roots. However, these roots are vulnerable to Cassava Root Rot Disease (CRRD), often caused by fungal pathogens such as Fusarium, Lasiodiplodia, and Phytophthora. This disease poses a significant threat to food security in tropical and subtropical regions. Accurate microbial identification is essential for understanding CRRD pathology. However, conventional methods for isolating microorganisms from diseased roots—particularly fungi—have limitations. For instance, incomplete surface sterilization can lead to the isolation of non-axenic fungal colonies. To address this issue, we propose a modified methodology that includes a surface particle-removal step and sterility controls to validate its effectiveness. Our method significantly improved the isolation of axenic fungal colonies from CRRD-affected roots compared to traditional techniques across three different culture media. Out of 60 samples per method, the proposed method yielded a statistically higher proportion of axenic fungal colonies (88.3%) than the traditional approach (30%). Although the proposed method facilitates microbial isolation, further validation is needed to assess its reliability across various pathogens and environmental conditions.