Single-tube classical PCR for Candida auris and Candida haemulonii identification

Abstract

Background: Candida auris and Candida haemulonii are emerging and multiresistant pathogens. C. aurishas produced hospital outbreaks and is misidentified by phenotypic-based methods. The only reliableidentification methods are DNA sequencing and MALDI-TOF.Aims: To develop a classical-PCR method capable of rapidly and accurately identify C. auris and C. haemu-lonii.Methods: A multiplex PCR was carried out in one tube that included an internal control and oligonu-cleotides that specifically hybridize to the ITS2 region of C. auris and C. haemulonii. The usefulness of thenew method was verified by testing a collection of 50 strains of 20 different species (previously identifiedby ITS sequencing). The selection of species was made in order to emulate the C. auris panel used by theCDC to validate diagnostic tools. In addition, other yeast species not included in the aforementioned panelwere incorporated based on reported identification errors.Results: The results obtained with the proposed protocol were in total agreement with those obtainedby ITS sequencing.Conclusions: We present a PCR method able to unequivocally identify C. auris and differentiate it fromC. haemulonii. It is inexpensive, fast and it could be a useful tool to reduce the chances of a C. auris outbreak.Antecedentes: Candida auris y Candida haemulonii son patógenos emergentes y multirresistentes. C. auris ha sido responsable de brotes hospitalarios y no se puede identificar por métodos fenotípicos. Los únicos métodos de identificación confiables incluyen la secuenciación y el MALDI-TOF. Objetivos: Desarrollar un método de PCR clásica capaz de identificar rápidamente C. auris y C. haemulonii. Métodos: Se llevó a cabo una PCR múltiple en un tubo que incluyó un control interno y oligonucleótidos que hibridan específicamente con la región ITS2 de C. auris y C. haemulonii. Para comprobar la utilidad del método se utilizó una colección de 50 aislamientos de 20 especies diferentes (identificadas por secuenciación del ITS). La selección de especies se hizo con el fin de emular el panel de especies que ofrece el CDC para la correcta identificación de C. auris. Además, se incluyeron especies que son confundidas con C. auris y no están incluidas en el citado panel. Resultados: Los resultados obtenidos con el protocolo propuesto estuvieron en total acuerdo con los obtenidos por la secuenciación del ITS. Conclusiones: El método que presentamos es capaz de identificar inequívocamente C. auris y diferenciarla de C. haemulonii. Es barato, rápido y podría ser una herramienta útil para reducir la posibilidad de brotes por C. auris.