Análisis bioinformático de puntos de ruptura de una variante estructural del F8 originada por recombinación no-homóloga causal de Hemofilia A severa

Abstract

Aunque el 8-15% de las Hemofilias A severas (HAS) son causadas por grandes deleciones del F8, muy pocas son caracterizadas y menos aún investigadas para elucidar su mecanismo de origen. Aquí se abordan estos objetivos en un paciente con HAS usando métodos bioinformático-estadísticos originales, analizando motivos recombinogénicos en las rupturas para elucidar su mecanismo molecular. Las regiones de incerteza 5 y 3’ del rearreglo fueron acotadas por inverse shifting-PCR y se diseñaron PCR directas para secuenciar el punto de recombinación. En intervalos de 50 pb con centro en los puntos de ruptura se estudiaron motivos del ADN asociados a inestabilidad genómica, evaluando su significancia estadística con hipótesis nulas estimadas por valores esperados en puntos de ruptura artificiales aleatorios en Xq28 (n=240) y en las frecuencias de bases. La deleción NC_000023.11:g.154981972_154989056delinsG, mostró la inserción de una base sin microhomologías. En el extremo 3’ se detectó la secuencia recombinogénica Jurka, una estructura secundaria de ADN estable y un elemento AluSx, y en 5’, un motivo Murine parvovirus recombination hotspot. Estos hallazgos apoyan la participación de la maquinaria de retrotransposición, estructuras secundarias y secuencias recombinogénicas en la susceptibilidad a sufrir rupturas localizadas e indican al sistema de reparación de extremos no homólogos (NHEJ) como el mecanismo molecular más probable.