El genoma mitocondrial de Lissachatina immaculata (Gastropoda: Achatinidae): primera caracterización y actualización de la filogenia de Stylommatophora

Abstract

Los genomas mitocondriales completos se han vuelto un recurso cada vez más frecuente en las reconstrucciones filogenéticas a diferentes niveles taxonómicos de diversos grupos animales. No obstante, a pesar de que el phylum Mollusca es el segundo grupo animal con mayor número de especies, poco más de 1.400 tienen su mitogenoma caracterizado. En este sentido, las últimas filogenias con base en mitogenomas realizadas en el orden Stylommatophora cuentan con la mayor representatividad en el suborden Helicina (clado no achatinoideo), mientras que Achatinina (clado achatinoideo) solo cuenta con un mitogenoma y Scolodontina con ninguno. Con el objetivo de incrementar la representatividad del suborden Achatinina se caracterizó por primera vez en este trabajo el genoma mitocondrial completo del caracol gigante africano Lissachatina immaculata (Lamarck, 1822). El ensamblaje del genoma mitocondrial se realizó por medio del software NOVOPlasty. Para ello se descargaron del NCBI datos crudos obtenidos de la secuenciación del genoma completo ya publicado (BioProject PRJNA561271). La anotación del genoma se llevó a cabo mediante el uso de los programas y herramientas MITOS2, ORFinder, ARWEN, así como por la comparación con Lissachatina fulica (Bowdich, 1822), el único representante de Achatinoidea que tiene su mitogenoma secuenciado. Para los análisis filogenéticos (Inferencia Bayesiana y Máxima Verosimilitud) se utilizaron secuencias de aminoácidos concatenadas de los 13 genes codificantes para proteínas de 40 especies de Stylommatophora. Tres especies de Systellommatophora, Hygrophila y Ellobiida fueron utilizadas como grupo externo. El mitogenoma de L. immaculata se constituyó de 15.077 pb con un alto contenido de A+T (66,3 %) y se identificaron los 37 genes típicos de Metazoa. Se encontraron 22 regiones intergénicas, mientras que ocho pares de genes presentaron codificación superpuesta. Al igual que L. fulica se caracterizó una extensa región no codificante rica en A+T (66,8 %) entre los genes cox1 y ARNt-Val de 589 pb, asignada a una posible región control. El arreglo de genes de L. immaculata estuvo conservado en relación con el informado para L. fulica. Los modelos de estructura secundaria de los genes de ARN de transferencia presentaron la forma estándar a excepción de ARNt-Ser1 que presentó el brazo D truncado. Como resultado de las reconstrucciones filogenéticas se recuperó a Stylommatophora como un grupo monofilético. Por su parte, L. immaculata se agrupó junto a L. fulica posicionándose como basales dentro de Stylommatophora. Los nuevos datos generados permitirán fortalecer las reconstrucciones filogenéticas futuras, así como también evaluar posibles diferencias en las características genómicas entre las especies de Lissachatina, así como del suborden Achatinina.