Comparación de la eficiencia de extracción de ácidos nucleicos utilizando distintos kits comerciales. Efecto de las sustancias inhibidoras

Abstract

La detección de secuencias específicas de ácidos nucleicos (AN) empleando PCR revolucionó las ciencias biológicas y médicas. La PCR en tiempo real (qPCR) incorporó la posibilidad de obtener resultados cuantitativos. Una etapa decisiva previa a qPCR es la extracción de AN en la que se pueden producir tanto la remoción como la extracción conjunta de sustancias inhibidoras de la reacción enzimática, afectando a la eficiencia de amplificación. En el presente trabajo se realizó una comparación entre los kits de extracción comerciales Qiagen, Invitrogen y Macherey-Nagel, utilizados para extraer ADN de Trypanosoma cruzi de sangre murina artificialmente infectada y ARN de PP7, bacteriófago de Pseudomonas aeruginosa, sembrado en matrices acuosas. La eficiencia de recuperación de AN en muestras sin inhibidores fue similar para los tres kits de extracción. El kit de Invitrogen fue el único que no se vio afectado por la presencia de inhibidores en las muestras.The detection of specific nucleic acid (NA) sequences by PCR has revolutionized the biological and medical sciences. Real-time PCR (qPCR) opened up the possibility of obtaining quantitative results. NA extraction is a decisive step prior to qPCR since it may produce either the removal or co-extraction of inhibitory substances of the enzymatic reaction, which in turn affects the amplification efficiency. In the present work we compared the commercial NA extraction kits from Qiagen, Invitrogen and Macherey-Nagel, which were used to extract DNA from mice blood artificially infected with Trypanosoma cruzi and PP7 RNA, Pseudomonas aeruginosa bacteriophage, in spiked aqueous matrices. NA recovery efficiency in samples without inhibitors was similar for the three extraction kits. However, the Invitrogen kit was the only one that remained unaffected in the presence of inhibitors in the samples.