Modelado de la interacción de péptidos inhibitorios sobre el sistema de secreción tipo iii de Escherichia coli enteropatogénica (ECEP)

Abstract

Algunas bacterias Gram-negativas patógenas en animales y humanas como Salmonella, Yersinia, Escherichia coli enterohemorrágica (ECEH) y Escherichia coli enteropatogénica (ECEP) poseen un sistema de secreción de tipo III (SSTT) que se utiliza para transferir factores de virulencia directamente en la célula huésped. Recientemente se realizaron estudios sobre una serie de péptidos sintéticos capaces de inhibir este sistema, donde los más activos exhibieron actividades submicromolares1,2.El trabajo presentado aquí muestra el modelado molecular realizado sobre estos péptidos con el fin de comprender su mecanismo de acción inhibitorio. Dos péptidos sintéticos, CoilA y CoilB, que corresponden a los dominios coiled-coil de la proteína EspA, mostraron ser los más efectivos en la inhibición de la acción de SSTT de ECEP.Como modelo base se adoptó la estructura depositada en PDB (1xou) con fragmento de EspA con su respectiva chaperona. A partir de esta información se realizó una breve simulación con dinámica molecular, que nos permitió estabilizar el sistema y trabajar con conformaciones del tipo alfa hélices.Para obtener la estructura de los distintos complejos se reemplazó la chaperona por los cuatro péptidos evaluados. Para ello, se realizó un estudio de docking ciego, sin condiciones, de ello se seleccionaron en primera instancia unas 1000 estructuras por cada péptido, luego estas estructuras se clasificaron obteniéndose las 10 familias más relevantes caracterizada cada una por 10 conformaciones de interacción péptido-proteína Estos 400 complejos se sometieron a minimización energética mediante el modelo IGB8. Los resultados obtenidos, en principio, son compatibles con los datos experimentales. Para que exista una inhibición de la agregación de EspA se deben cumplir al menos dos requisitos:1-El péptido bajo estudio debe desarrollar la capacidad de interaccionar con ambos dominios de EspA de manera de estabilizar la conformación previa a la agregación. 2-La energía de interacción del complejo debe ser lo suficientemente grande como para estabilizar el mismo.