Preliminary characterization of microbial communities in High Altitude Wetland of Northwestern Argentina by determining terminal restriction fragment length polymorphisms

Abstract

Laguna de Pozuelos is an extensive wetland in Morthwestern Argentina at 3,600 m above sea level in the Argentinean Andes. The principal lake, placed in the central depression of endorheic basin, is rich in minerals like Cu, As, Fe, etc. It collects water from underground courses and from two main tributaries, namely Santa Catalina River to the north and Cincel River to the south. Following the dry and rainy seasons, the surface of the lake is subject to an annual contraction-expansion cycle, with increasing of salinity during evaporation period. Prokaryotes inhabitants these particular environments have been not described and a few of such places have been surveyed for microbial diversity studies. To systematically explore the underlying communities of Bacteria from the water lake of Laguna de Pozuelos wetland and Cincel River, bacterial 16S rRNA genes (rDNAs) were PCR amplified and analyzed by terminal restriction fragment length polymorphism (TRFLP) analysis. Analysis of the microbial community with T-RFLP identified a minimum of 19 operational taxonomic units (OTU). TRF patterns derived from multiple-enzyme digestion with RsaI, HaeIII and HhaI were analyzed in order to provide a preliminary picture of the relative diversity of this complex microbial community. By the combined use of the three restriction endonucleases bacterial populations of this particular place were identified.Laguna de Pozuelos es un extenso humedal en el noroeste de Argentina a 3.600 m.s.n.m. en los Andes argentinos. La principal laguna, ubicada en una depresión central de una cuenca endorreica, es rica en minerales como Cu, As, Fe, etc. El agua es colectada de cursos subterráneos y de dos principales ríos, llamados Río Santa Catalina al norte y Río Cincel al sur. Siguiendo las estaciones seca y lluviosa, la superficie de la laguna es sujeta a ciclos de expansión-contracción, con incremento de salinidad durante el período de evaporación. Los procariotes que habitan estos particulares ambientes no han sido descritos y pocos lugares como éstos han sido examinados para estudiar su biodiversidad microbiana. Para explorar en forma sistemática las comunidades de Bacteria del agua de la laguna del humedal de Laguna de Pozuelos y del Río Cincel, genes del RNA 16S ribosomal fueron amplificados por PCR y analizados por análisis de polimorfismos de fragmentos de restricción terminales (T-RFLP). El análisis de la comunidad microbiana con T-RFLP identificó un mínimo de 19 unidades taxonómicas operacionales (UTO). Los patrones de fragmentos derivados de la digestión múltiple con RsaI, HaeIII y HhaI fueron analizados para proveer un mapa preliminar de la diversidad relativa de esta compleja comunidad microbiana. El uso combinado de las tres endonucleasas de restricción, permitió que fueran identificadas poblaciones bacterianas de este particular lugar.