Análisis in silico del genoma de Pectobacterium carotovorum S2FC, patógeno de nogal (Juglans regia L. cv Chandler)

Abstract

Pectobacterium spp. son patógenas bacterianas necrotróficas responsables de un amplio espectro de enfermedades en cultivos de importancia agrícola y de plantas ornamentales. La cepa Pectobacterium carotovorum S2FC fue aislada a partir de plantas de nogal con síntomas de cancrosis en la provincia de Catamarca, Argentina. Con el objetivo de identificar determinantes genéticos que controlan la virulencia de esta especie y su diversificación filogenética, se realizó un análisis genómico in silico. Para ello, la secuencia del genoma de P. carotovorum S2FC fue obtenida a partir de una biblioteca de DNA (kit DNA Prep-Illumina) empleando el secuenciador NovaSeq600 PE 2x250. El ensamblado de las lecturas obtenidas se realizó con Unicycler v0.5.0. El tamaño del genoma estimado fue de 5,05 Mpb, con un %GC de 51,52. Un total de 79 contigs fueron obtenidos y 4509 secuencias codificantes (CDS) fueron identificadas. La anotación automática se realizó con el software Prokka, y se empleó para obtener el Core-Genome. A partir de los genes del core (1232) se realizó un alineamiento contra 14 genomas de Pectobacterium en la base de datos del GenBank. El análisis demostró que la cepa S2FC se encuentra estrechamente relacionada con otras subespecies de P. carotovorum, entre ellas, P. carotovorum subsp. actinidae asociada a cancrosis en pera y kiwi. Determinantes claves de la virulencia de esta cepa como, los sistemas de secresión, la estructura del flagelo y el sistema de quorum sensing fueron identificados. Nuestros resultados proveen hallazgos novedosos en relación a la diversificación genética y la patogenicidad de esta cepa.