Cannabis sativa L. Miniature Inverted-Repeat Transposable-Element Landscapes in Wild-Type (JL) and Domesticated Genome (CBDRx)

Abstract

Cannabis sativa L. es una planta cultivada globalmente con un importante valor industrial, nutricional y medicinal. Su genoma, compuesto por nueve autosomas y cromosomas sexuales (X e Y), ha sido ampliamente estudiado, particularmente en el contexto del mejoramiento genético preciso para usos finales específicos. Avances recientes han facilitado análisis genómicos completos a través de plataformas como NCBI Comparative Genome Viewer (CGV) y CannabisGDB, entre otras, lo que permite estudios comparativos entre múltiples genotipos de Cannabis. A pesar de la abundancia de datos genómicos, un grupo particular de elementos transponibles, conocidos como elementos transponibles de repetición invertida miniatura (MITEs), permanece poco explorado en Cannabis. Estos elementos son transposones de ADN de clase II no autónomos que se caracterizan por un alto número de copias y preferencia de inserción en regiones no codificantes, lo que potencialmente afecta la expresión génica. En el presente estudio, informamos sobre la anotación de secuencias de MITEs en genomas de Cannabis silvestre y domesticado obtenidos mediante el software MITE Tracker. También desarrollamos un protocolo simple e innovador para identificar familias de MITE específicas del genoma, ofreciendo herramientas valiosas para futuras investigaciones sobre el desarrollo de marcadores centrados en la variación genética importante para el mejoramiento en Cannabis sativa .