Integration and Automation of Modeling of Biological Cell Processes

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dc.conicet.fuenteCrossref
dc.conicet.organizacionCarleton University
dc.conicet.organizacionCarleton University
dc.conicet.organizacionConsejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Investigación en Ciencias de la Computación. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigación en Ciencias de la Computación
dc.conicet.paisOrganizacionCanadá
dc.conicet.paisOrganizacionCanadá
dc.conicet.paisOrganizacionArgentina
dc.conicet.produccionid12486361
dc.contributor.authorRuiz Martin, Cristina
dc.contributor.authorWainer, Gabriel A.
dc.contributor.authorBelloli, Laouen Mayal Louan
dc.date.accessioned2025-07-30T11:07:01Z
dc.date.available2025-07-30T11:07:01Z
dc.date.issued2022-01
dc.date.updated2025-07-29T11:46:41Z
dc.description.abstractThe System Biology Markup Language (SBML) has been used to build numerous models of biological processes. Here we introduce a new method to translate SBML specifications of cellular models into formal specifications for analysis and simulation. To do so we define a generic biological model architecture that can be instantiated with different parameters for different types of cells and at different levels of detail using the information available in SBML models. We discuss said architecture, a prototype implementation and different examples of use of the method with a synthetic model and model of E. Coli.es
dc.description.filFil: Ruiz Martin, Cristina. Carleton University; Canadá
dc.description.filFil: Wainer, Gabriel A.. Carleton University; Canadá
dc.description.filFil: Belloli, Laouen Mayal Louan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Investigación en Ciencias de la Computación. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigación en Ciencias de la Computación; Argentina
dc.formatapplication/pdfes
dc.identifier.citationRuiz Martin, Cristina; Wainer, Gabriel A.; Belloli, Laouen Mayal Louan; Integration and Automation of Modeling of Biological Cell Processes; Elsevier Science; Simulation Modelling Practice and Theory; 114; 1-2022; 1-20es
dc.identifier.institucionalCONICET
dc.identifier.issn1569-190Xes
dc.identifier.repoCONICET Digital
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11336/267452
dc.journal.ciudadAmsterdames
dc.journal.pagination1-20es
dc.journal.paisPaíses Bajoses
dc.journal.titleSimulation Modelling Practice and Theoryes
dc.journal.volume114es
dc.language.isoenges
dc.publisherElsevier Sciencees
dc.relation.alternativeidinfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1569190X21001180
dc.relation.alternativeidinfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1016/j.simpat.2021.102419
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/restrictedAccess*
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/*
dc.subjectMetabolic Networkses
dc.subjectDEVSes
dc.subjectSBMLes
dc.subjectAutomatic model generationes
dc.subjectSimulationes
dc.subject.classificationCiencias de la Computaciónes
dc.subject.classificationCiencias de la Computación e Informaciónes
dc.subject.classificationCIENCIAS NATURALES Y EXACTASes
dc.titleIntegration and Automation of Modeling of Biological Cell Processeses
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:ar-repo/semantics/artículo
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion

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