Computational methods for biological problems: membrane proteins promenades

Abstract

In this work, we discuss the computational techniques of molecular dynamics and docking as essential tools in the study of the interactions between proteins and membranes. We focus on the cellular mechanisms of the membrane pore and the fusion pore, used by the cell to communicate with its exterior. We look at the cases of two proteins of interest: dynamin and alpha-synuclein, and describe their possible role in membrane events such as fusion, fission, and poration. Finally, we describe some of the most widely used docking and molecular dynamics softwares applied to biological protein and membrane systems.En este trabajo, comentamos las tecnicas computacionales de dinámica molecular y docking como herramientas esenciales en el estudio de las interacciones entre proteínas y membranas. Nos centramos en los mecanismos celulares del poro de membrana y el poro de fusion, utilizados por la célula para comunicarse con su exterior. Vemos los casos de dos proteínas de interes: la dinamina y alfa-sinucleína, y describimos su posible rol en eventos de membrana como la fusion, la fisión y la poración. Por último, describimos algunos de los softwares más comunmente utilizados en docking y en dinámica molecular aplicados a sistemas biológicos de proteínas y membranas.