Artículo

Auto-deconvolution and molecular networking of gas chromatography–mass spectrometry data

 Aksenov, Alexander A. ; Laponogov, Ivan ; Zhang, Zheng ; Doran, Sophie L. F. ; Belluomo, Ilaria ; Veselkov, Dennis ; Bittremieux, Wout ; Nothias, Louis Felix ; Nothias Esposito, Mélissa ; Maloney, Katherine N. ; Misra, Biswapriya B. ; Melnik, Alexey V. ; Smirnov, Aleksandr ; Du, Xiuxia ; Jones, Kenneth L. ; Dorrestein, Kathleen ; Panitchpakdi, Morgan ; Ernst, Madeleine ; van der Hooft, Justin J. J. ; Gonzalez, Mabel ; Carazzone, Chiara ; Amézquita, Adolfo ; Callewaert, Chris ; Morton, James T. ; Quinn, Robert A. ; Bouslimani, Amina ; Albarracín Orio, Andrea Georgina Icon; Petras, Daniel Icon; Smania, Andrea Icon; Couvillion, Sneha P. ; Burnet, Meagan C. ; Nicora, Carrie D. ; Zink, Erika ; Metz, Thomas O. ; Artaev, Viatcheslav ; Humston Fulmer, Elizabeth ; Gregor, Rachel ; Meijler, Michael M. ; Mizrahi, Itzhak ; Eyal, Stav ; Anderson, Brooke ; Dutton, Rachel ; Lugan, Raphaël ; Boulch, Pauline Le ; Guitton, Yann ; Prevost, Stephanie ; Poirier, Audrey ; Dervilly, Gaud ; Le Bizec, Bruno ; Fait, Aaron ; Persi, Noga Sikron ; Song, Chao ; Gashu, Kelem ; Coras, Roxana ; Guma, Monica ; Manasson, Julia ; Scher, Jose U. ; Barupal, Dinesh Kumar ; Alseekh, Saleh ; Fernie, Alisdair R. ; Mirnezami, Reza ; Vasiliou, Vasilis ; Schmid, Robin ; Borisov, Roman S. ; Kulikova, Larisa N. ; Knight, Rob ; Wang, Mingxun ; Hanna, George B. ; Dorrestein, Pieter ; Veselkov, Kirill

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Fecha

2021-02-09

Editorial

Nature Publishing Group

Revista

Nature Biotechnology

Título del libro

Nombre del evento

Fecha del evento

Institución organizadora

ISSN

1087-0156

eISSN

ISBN

Idioma

Inglés

Tipo del evento

Clasificación temática

Otras Ciencias Químicas

Palabras clave

METABOLOMICS , GC-MS , MACHINE LEARNING , NATURAL PRODUCTS

Resumen

We engineered a machine learning approach, MSHub, to enable auto-deconvolution of gas chromatography–mass spectrometry (GC–MS) data. We then designed workflows to enable the community to store, process, share, annotate, compare and perform molecular networking of GC–MS data within the Global Natural Product Social (GNPS) Molecular Networking analysis platform. MSHub/GNPS performs auto-deconvolution of compound fragmentation patterns via unsupervised non-negative matrix factorization and quantifies the reproducibility of fragmentation patterns across samples.

URI

http://hdl.handle.net/11336/141080

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 Principal Auto-deconvolution and molecular networking of gas chromatography–mass spectrometry data.pdf (2.97 MB)
Identificadores
URI: http://hdl.handle.net/11336/141080
DOI: http://dx.doi.org/10.1038/s41587-020-0700-3
URL: https://www.nature.com/articles/s41587-020-0700-3
Citación
Aksenov, Alexander A.; Laponogov, Ivan; Zhang, Zheng; Doran, Sophie L. F.; Belluomo, Ilaria; et al.; Auto-deconvolution and molecular networking of gas chromatography–mass spectrometry data; Nature Publishing Group; Nature Biotechnology; 39; 2; 9-2-2021; 169-173
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