Sequence analysis of pLBB1, a cryptic plasmid from Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus

Abstract

The first report of the complete nucleotide sequence of a cryptic plasmid from Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (Lactobacillus bulgaricus) is presented. The plasmid pLBB1 consists of 6127 bp with a GC content of 44.8%. No ssDNA was detected by hybridization experiments, which is consistent with the notion that pLBB1 does not replicate by a rolling circle mechanism. A putative replication region of pLBB1 was cloned and found to be functional in Lactobacillus johnsonii and Lactococcus lactis. Plasmid pLBB1 showed significant DNA sequence identity with plasmid pLL1212 from Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis (Lactobacillus lactis) CRL1212 (GenBank accession No. AF109691). Four open reading frames (ORFs) larger than 100 amino acids were identified. ORFA shared similarity with a putative primase-helicase system, and ORFB and ORFC exhibited limited identity with a mobilization protein and a transposase, respectively. Curing experiments did not allowed us to assign a function to the ORFs.Nous présentons la première séquence complétée d’un plasmide cryptique de Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (Lactobacillus bulgaricus). Le plasmide pLBB1 est composé de 6127 pb ayant un contenu en CG de 44,8 %. Aucun ADN simple brin n’a été détecté par l’expérience d’hybridation, ce qui est conforme avec la notion que pLBB1 ne se réplique pas par un mécanisme de cercle roulant. Une éventuelle région de réplication de pLBB1 a été clonée et s’est avérée fonctionnelle chez Lactobacillus johnsonii et Lactococcus lactis. Le plasmide pLBB1 a démontré une similitude significative avec le plasmide pLL1212 de Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis (Lactobacillus lactis) CRL1212 (no . d’identification GenBank AF109691). Quatre cadres de lecture ouverts (CLOs) plus grands que 100 acides aminés ont été identifiés. ORFA ressemblait à un système de primase–hélicase putatif, et ORFB et ORFC présentaient des identités limitées avec une protéine de mobilisation et une transposase, respectivement. Des expériences de cure du plasmide n’ont pas permis de décerner des fonctions aux ORFs.