Perfiles transcripciones obtenidos mediante snRNAseq en un modelo murino de la enfermedad de Parkinson: análisis transcripcional a nivel de núcleos únicos estriatales en etapas tempranas y tardías de la denervación dopaminérgica

Abstract

El cuerpo estriado es una región cerebral compleja esencial para la función motora que se afecta principalmente en la enfermedad de Parkinson por la denervación dopaminérgica. El objetivo fue realizar secuenciación de ARN de núcleos individuales a partir del estriado de ratones intactos y con hemiparkinsonismo en las fases temprana y crónica de la denervación dopaminérgica, con el fin de obtener perfiles transcripcionales específicos de cada tipo celular. Para ello, se utilizaron lesiones unilaterales con 6-OHDA en el haz nigro-estriatal para modelar la EP. Los estriados se diseccionaron inmediatamente a los 5 o 28 días post-lesión (DPL) para aislar los núcleos, preparar bibliotecas de ADNc y secuenciarlos utilizando una tecnología de secuenciación de ARN basada en gotas (10X Genomics). Se utilizaron 8500 núcleos por muestra y 4 estriados por grupo. Los datos se preprocesaron primero para generar matrices de expresión de alta calidad para cada muestra y, a continuación, se integraron en una única matriz que contenía 46 955 núcleos, agrupados y anotados en función de la expresión de marcadores moleculares obtenidos por bibliografía (Tabla S1). Con la funcion FindAllMarkers del paquete Seurat de R se obtuvieron listas de genes marcadores para cada cluster comparando su expresión contra la de todos los demás (Tabla S2). Utilizando DESeq2, se realizó un análisis pseudobulk para obtener los genes expresados de forma diferencial (DEGs) para cada clúster y comparación de tratamientos (Tabla S3). Con el paquete clusterProfiler se obtuvieron los términos de gene ontology (GO) para los procesos biológicos asociados a los DEGs (Tabla S2) sobre o sub-representados en cada condición.