Primer reporte de secuencia genómica completa y análisis filogenético de bocavirus humano 1 aislado en Argentina

Abstract

Antecedentes. El Bocavirus humano (HBoV) es un parvovirus descripto por primera vez en 2005, asociado a cuadros leves y graves de infección respiratoria aguda (IRA), una de las principales causas de morbimortalidad en la población infantil en todo el mundo. Al presente se han identificado 4 genotipos, nombradas HBoV1 a 4, de los cuales el primero es el que se asocia a IRA con predominancia. Objetivo. Obtener el genoma completo de HBoV respiratorio aislado localmente. Métodos. Se diseñaron primers para fragmentos superpuestos del genoma completo de HBoV, empleando las herramientas informáticas ClustalW y NCBI Primer-Blast. Los fragmentos se amplificaron por PCR convencional y se secuenciaron mediante tecnología capilar BigDye Terminator. La edición de las secuencias y análisis filogenético se realizó con el programa MEGA v6. Resultados. Se obtuvo la secuencia genómica completa de HBoV1 cepa 307AR09, aislada de secreción respiratoria de paciente pediátrico con bronquiolitis. La misma fue depositada en la base de datos GenBank con número de acceso KJ634207. El análisis filogenético con secuencias genómicas completas de los 4 genotipos obtenidas en distintas regiones del mundo muestra similitud cercana al 100% con la secuencia original descubierta en Suecia (DQ000495), así como el agrupamiento de los 4 genotipos en 2 clusters de alta homología interna: HBoV1-HBoV3 y HBoV2-HBoV4. Conclusiones. Se aportan datos locales para futuros desarrollos tecnológicos destinados tanto a la investigación como al diseño de métodos diagnósticos para la práctica médica. Por otra parte, los resultados sustentan la propuesta de redistribución taxonómica de los 4 genotipos en 2 especies.

Antecedents. Human bocavirus (HBoV) is a parvovirus identified for the first time in 2005 associated to upper- and lower- acute respiratory tract infection (ARI), which is one of the main causes of morbimortality in infant population worldwide. Currently four genotypes have been described named HBoV1-4, of which HBoV1 is the one predominantly related to ARI. Objective. To obtain the complete genome of respiratory HBoV locally isolated. Methods. By means of bioinformatics tools such as ClustalW and NCBI Primer-Blast, primers were designed to amplify overlapping DNA fragments altogether spanning the complete genome of HBoV. Fragments were amplified by PCR and sequenced by BigDye Terminator capillary technology. Sequence editing and phylogenetic analysis were accomplished using MEGA v6 software. Results. Complete genome sequence of HBoV1 strain 307AR09 was obtained after isolation from respiratory secretion of a pediatric patient with bronchiolitis. The sequence was deposited in the GenBank public database (accession number KJ634207). The phylogenetic analysis including complete genome sequences of all four genotypes from around the world shows similarity close to 100% between the local strain and the virus originally discovered in Sweden (DQ000495). The four genotypes clustered in 2 groups of high internal homology: HBoV1-HBoV3 and HBoV2-HBoV4. Conclusions. We provide local molecular data that can be used in future technological developments for research and diagnostic tests intended for medical practice. Our results add support to the proposed redistribution of the four genotypes into 2 species.