Diversidad de sistemas CRISPR en cepas de Streptococcus thermophilus empleadas en Argentina

Abstract

Estudiar la presencia de los sistemas CRISPR1 y CRISPR3 en cepas de Streptococcus thermophilus utilizadas en Argentina y realizar el análisis de sus espaciadores. Realizar un análisis comparativo de los sistemas CRISPR1 y CRISPR3 en cepas locales e identificar espaciadores "nuevos" (que no se encuentran en las secuencias de la base de datos). Detectar la presencia de espaciadores (como protoespaciadores) en genomas de fagos, tanto reportados previamente en bases de datos como de fagos locales secuenciados en nuestro instituto. La mayoría de los espaciadores encontrados en los sistemas CRISPR de nuestras cepas regionales ya existían en las bases de datos. Encontramos una mayor cantidad, prevalencia y diversidad de espaciadores en los sistemas CRISPR3 de nuestras cepas, a diferencia de lo reportado en otros países donde los sistemas CRISPR1 parecen ser más relevantes. Aunque se identificaron más espaciadores CRISPR3 en total, los porcentajes de espaciadores encontrados en los genomas de fagos locales fue similar (~18%) entre CRISPR1 y CRISPR3. Entre los espaciadores encontrados en 2 o más genomas de fagos locales, se observó una clara correspondencia general de ellos con un grupo genético de fagos determinado (cos, pac o 5093); sin embargo, se encontraron algunos espaciadores en 2 (o incluso en los 3) grupos genéticos diferentes; observación válida tanto para CRISPR1 como para CRISPR3). Se observaron diferencias notables entre los espaciadores correspondientes a fagos aislados de diferentes matrices (suero de queso vs. yogur). Incluso numerosos espaciadores correspondían únicamente a fagos de cierto origen. Avanzar en el conocimiento de los sistemas CRISPR de cepas de S. thermophilus circulantes en nuestro país permitirá diseñar estrategias para reducir el impacto de los fagos en la industria láctea regional.