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Artículo

Improved methods for predicting peptide binding affinity to MHC class II molecules

Jensen, Kamilla Kjærgaard; Andreatta, MassimoIcon ; Marcatili, Paolo; Buus, Søren; Greenbaum, Jason A.; Yan, Zhen; Sette, Alessandro; Peters, Bjoern; Nielsen, MortenIcon
Fecha de publicación: 07/2018
Editorial: Wiley Blackwell Publishing, Inc
Revista: Immunology
ISSN: 0019-2805
Idioma: Inglés
Tipo de recurso: Artículo publicado
Clasificación temática:
Otras Ciencias de la Salud

Resumen

Major histocompatibility complex class II (MHC-II) molecules are expressed on the surface of professional antigen-presenting cells where they display peptides to T helper cells, which orchestrate the onset and outcome of many host immune responses. Understanding which peptides will be presented by the MHC-II molecule is therefore important for understanding the activation of T helper cells and can be used to identify T-cell epitopes. We here present updated versions of two MHC–II–peptide binding affinity prediction methods, NetMHCII and NetMHCIIpan. These were constructed using an extended data set of quantitative MHC–peptide binding affinity data obtained from the Immune Epitope Database covering HLA-DR, HLA-DQ, HLA-DP and H-2 mouse molecules. We show that training with this extended data set improved the performance for peptide binding predictions for both methods. Both methods are publicly available at www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCII-2.3 and www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCIIpan-3.2.
Palabras clave: AFFINITY PREDICTIONS , IMMUNOGENIC PEPTIDES , MHC BINDING SPECIFICITY , PEPTIDE-MHC BINDING , T-CELL EPITOPE
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Identificadores
URI: http://hdl.handle.net/11336/96635
URL: http://doi.wiley.com/10.1111/imm.12889
DOI: http://dx.doi.org/10.1111/imm.12889
Colecciones
Articulos(IIB-INTECH)
Articulos de INST.DE INVEST.BIOTECNOLOGICAS - INSTITUTO TECNOLOGICO CHASCOMUS
Citación
Jensen, Kamilla Kjærgaard; Andreatta, Massimo; Marcatili, Paolo; Buus, Søren; Greenbaum, Jason A.; et al.; Improved methods for predicting peptide binding affinity to MHC class II molecules; Wiley Blackwell Publishing, Inc; Immunology; 154; 3; 7-2018; 394-406
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