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Turk, Gabriela Julia Ana
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Ghiglione, Yanina Alexandra
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Hormanstorfer, Macarena
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Laufer, Natalia Lorna
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Coloccini, Romina Soledad
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Salido, Jimena Patricia
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Trifone, César Ariel
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Ruiz, María Julia
dc.contributor.author
Falivene, Juliana
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Holgado, María Pía
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dc.contributor.author
Caruso, María Paula
dc.contributor.author
Figueroa, María Inés
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Salomon, Horacio Eduardo
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Giavedoni, Luis D.
dc.contributor.author
Pando, María de los Ángeles
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Gherardi, Maria Magdalena
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Rabinovich, Roberto Daniel
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Pury, Pedro Angel
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Sued, Omar Gustavo
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dc.date.available
2019-10-29T20:12:12Z
dc.date.issued
2018-01
dc.identifier.citation
Turk, Gabriela Julia Ana; Ghiglione, Yanina Alexandra; Hormanstorfer, Macarena; Laufer, Natalia Lorna; Coloccini, Romina Soledad; et al.; Biomarkers of progression after HIV acute/early infection: Nothing compares to CD4+ T-cell count?; MDPI AG; Viruses; 10; 1; 1-2018; 1-24
dc.identifier.issn
1999-4915
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/87612
dc.description.abstract
Progression of HIV infection is variable among individuals, and definition disease progression biomarkers is still needed. Here, we aimed to categorize the predictive potential of several variables using feature selection methods and decision trees. A total of seventy-five treatment-naïve subjects were enrolled during acute/early HIV infection. CD4+ T-cell counts (CD4TC) and viral load (VL) levels were determined at enrollment and for one year. Immune activation, HIV-specific immune response, Human Leukocyte Antigen (HLA) and C-C chemokine receptor type 5 (CCR5) genotypes, and plasma levels of 39 cytokines were determined. Data were analyzed by machine learning and non-parametric methods. Variable hierarchization was performed by Weka correlation-based feature selection and J48 decision tree. Plasma interleukin (IL)-10, interferon gamma-induced protein (IP)-10, soluble IL-2 receptor alpha (sIL-2Rα) and tumor necrosis factor alpha (TNF-α) levels correlated directly with baseline VL, whereas IL-2, TNF-α, fibroblast growth factor (FGF)-2 and macrophage inflammatory protein (MIP)-1β correlated directly with CD4+ T-cell activation (p < 0.05). However, none of these cytokines had good predictive values to distinguish “progressors” from “non-progressors”. Similarly, immune activation, HIV-specific immune responses and HLA/CCR5 genotypes had low discrimination power. Baseline CD4TC was the most potent discerning variable with a cut-off of 438 cells/μL (accuracy = 0.93, κ-Cohen = 0.85). Limited discerning power of the other factors might be related to frequency, variability and/or sampling time. Future studies based on decision trees to identify biomarkers of post-treatment control are warrantied.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
MDPI AG
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
ACUTE INFECTION
dc.subject
BIOMARKERS
dc.subject
DECISION TREES
dc.subject
DISEASE PROGRESSION
dc.subject
HIV
dc.subject
HLA
dc.subject
IMMUNE RESPONSES
dc.subject
SOLUBLE PLASMA FACTORS
dc.subject.classification
Virología
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Biomarkers of progression after HIV acute/early infection: Nothing compares to CD4+ T-cell count?
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2019-10-02T19:42:56Z
dc.journal.volume
10
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
1-24
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.description.fil
Fil: Turk, Gabriela Julia Ana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Ghiglione, Yanina Alexandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Hormanstorfer, Macarena. Fundación Huésped; Argentina
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Fil: Laufer, Natalia Lorna. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos "Juan A. Fernández"; Argentina
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Fil: Coloccini, Romina Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Salido, Jimena Patricia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Trifone, César Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Ruiz, María Julia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Falivene, Juliana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Holgado, María Pía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Caruso, María Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Figueroa, María Inés. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos "Juan A. Fernández"; Argentina. Fundación Huésped; Argentina
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Fil: Salomon, Horacio Eduardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Giavedoni, Luis D.. Texas Biomedical Research Institute; Estados Unidos
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Fil: Pando, María de los Ángeles. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Gherardi, Maria Magdalena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Rabinovich, Roberto Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
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Fil: Pury, Pedro Angel. Universidad Nacional de Córdoba; Argentina
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Fil: Sued, Omar Gustavo. Fundación Huésped; Argentina
dc.journal.title
Viruses
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://www.mdpi.com/1999-4915/10/1/34
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.3390/v10010034
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