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Vlasova, Anna
dc.contributor.author
Capella Gutiérrez, Salvador
dc.contributor.author
Rendón Anaya, Martha
dc.contributor.author
Hernández Oñate, Miguel
dc.contributor.author
Minoche, André E.
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Erb, Ionas
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Câmara, Francisco
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Prieto Barja, Pablo
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Corvelo, André
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Sanseverino, Walter
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Westergaard, Gastón
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Dohm, Juliane C.
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Pappas Jr., Georgios J.
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Saburido Alvarez, Soledad
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Kedra, Darek
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Gonzalez, Irene
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Cozzuto, Luca
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Gómez Garrido, Jessica
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Aguilar Morón, María A.
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Andreu, Nuria
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Aguilar, Orlando Mario
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Garcia Mas, Jordi
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Zehnsdorf, Maik
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Vazquez, Martin Pablo
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Delgado Salinas, Alfonso
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Delaye, Luis
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Lowy, Ernesto
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Mentaberry, Alejandro Nestor
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Vianello Brondani, Rosana P.
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García, José Luís
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Alioto, Tyler
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Sánchez, Federico
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Himmelbauer, Heinz
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Santalla, Marta
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Notredame, Cedric
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Gabaldón, Toni
dc.contributor.author
Herrera Estrella, Alfredo
dc.contributor.author
Guigó, Roderic
dc.date.available
2018-12-18T19:22:40Z
dc.date.issued
2016-02-25
dc.identifier.citation
Vlasova, Anna; Capella Gutiérrez, Salvador; Rendón Anaya, Martha; Hernández Oñate, Miguel; Minoche, André E.; et al.; Genome and trascriptome analysis of the Mesoamerican common bean and the role of gene duplications in establishing tissue and temporal specialization of genes; BioMed Central; Genome Biology; 17; 32; 25-2-2016; 1-18
dc.identifier.issn
1474-760X
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/66692
dc.description.abstract
We report the genome and the transcription atlas of coding and non-coding genes of a Mesoamerican genotype of common bean (Phaseolus vulgaris L., BAT93). Using a comprehensive phylogenomics analysis, we assessed the past and recent evolution of common bean, and traced the diversification of patterns of gene expression following duplication. We find that successive rounds of gene duplications in legumes have shaped tissue and developmental expression, leading to increased levels of specialization in larger gene families. We also find that many long non-coding RNAs are preferentially expressed in germ-line-related tissues (pods and seeds), suggesting that they play a significant role in fruit development. Our results also suggest that most bean-specific gene family expansions, including resistance gene clusters, predate the split of the Mesoamerican and Andean gene pools.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
BioMed Central
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Genome
dc.subject
Common Bean
dc.subject
Transcriptome
dc.subject.classification
Otras Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Genome and trascriptome analysis of the Mesoamerican common bean and the role of gene duplications in establishing tissue and temporal specialization of genes
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-10-16T18:29:35Z
dc.journal.volume
17
dc.journal.number
32
dc.journal.pagination
1-18
dc.journal.pais
Reino Unido
dc.journal.ciudad
Londres
dc.description.fil
Fil: Vlasova, Anna. Centro de Regulación Genómica; España
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Fil: Capella Gutiérrez, Salvador. Centro de Regulación Genómica; España. Fungal Biodiversity Centre. Yeast and Basidiomycete Research Group; Países Bajos. Universitat Pompeu Fabra; España
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Fil: Rendón Anaya, Martha. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad; México
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Fil: Hernández Oñate, Miguel. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad; México
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Fil: Minoche, André E.. Garvan Institute of Medical Research; Australia
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Fil: Erb, Ionas. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
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Fil: Câmara, Francisco. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
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Fil: Prieto Barja, Pablo. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
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Fil: Corvelo, André. New York Genome Center; Estados Unidos
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Fil: Sanseverino, Walter. Centre for Research in Agricultural Genomics; España
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Fil: Westergaard, Gastón. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentina
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Fil: Dohm, Juliane C.. University of Natural Resources and Life Sciences. Department of Biotechnology; Austria
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Fil: Pappas Jr., Georgios J.. Universidade do Brasília; Brasil
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Fil: Saburido Alvarez, Soledad. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad; México
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Fil: Kedra, Darek. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
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Fil: Gonzalez, Irene. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
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Fil: Cozzuto, Luca. Universitat Pompeu Fabra; España. Centro de Regulación Genómica; España
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Fil: Gómez Garrido, Jessica. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
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Fil: Aguilar Morón, María A.. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
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Fil: Andreu, Nuria. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
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Fil: Aguilar, Orlando Mario. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina
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Fil: Garcia Mas, Jordi. Centre for Research in Agricultural Genomics; España
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Fil: Zehnsdorf, Maik. Universitat Pompeu Fabra; España. Centro de Regulación Genómica; España
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Fil: Vazquez, Martin Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentina
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Fil: Delgado Salinas, Alfonso. Universidad Nacional Autónoma de México. Instituto de Biología. Departamento de Botánica; México
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Fil: Delaye, Luis. Cinvestav. Unidad Irapuato. Departamento de Ingeniería Genética; México
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Fil: Lowy, Ernesto. European Molecular Biology Laboratory; Reino Unido
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Fil: Mentaberry, Alejandro Nestor. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
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Fil: Vianello Brondani, Rosana P.. Ministerio da Agricultura Pecuaria e Abastecimento de Brasil. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria; Brasil
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Fil: García, José Luís. Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Centro de Investigaciones Biológicas. Departamento de Biología Medioambiental; España
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Fil: Alioto, Tyler. Universitat Pompeu Fabra; España. Centro de Regulación Genómica; España
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Fil: Sánchez, Federico. Universidad Nacional Autónoma de México. Instituto Biotecnología. Departamento de Biología Molecular de Plantas; México
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Fil: Himmelbauer, Heinz. University of Natural Resources and Life Sciences. Department of Biotechnology; Austria
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Fil: Santalla, Marta. Misión Biológica de Galicia; España
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Fil: Notredame, Cedric. Centro de Regulación Genómica; España
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Fil: Gabaldón, Toni. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
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Fil: Herrera Estrella, Alfredo. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad; México
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Fil: Guigó, Roderic. Universitat Pompeu Fabra; España. Centro de Regulación Genómica; España
dc.journal.title
Genome Biology
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://genomebiology.com/2016/17/1/32
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1186/s13059-016-0883-6


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