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dc.contributor.author
Chorostecki, Uciel Pablo
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dc.contributor.author
Palatnik, Javier Fernando
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dc.date.available
2017-12-05T13:13:34Z
dc.date.issued
2014-01
dc.identifier.citation
Chorostecki, Uciel Pablo; Palatnik, Javier Fernando; comTAR: a web tool for the prediction and characterization of conserved microRNA targets in plants; Oxford University Press; Bioinformatics (Oxford, England); 30; 14; 1-2014; 2066-2067
dc.identifier.issn
1367-4803
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/29681
dc.description.abstract
Motivation: MicroRNAs (miRNAs) are major regulators of gene expression in plants and animals. They recognize their target messenger RNAs (mRNAs) by sequence complementarity and guide them to cleavage or translational arrest. So far, the prediction of plant miRNA–target pairs generally relies on the use of empirical parameters deduced from known miRNA–target interactions. Results: We developed comTAR, a web tool for the prediction of miRNA targets that is mainly based on the conservation of the potential regulation in different species. We used data generated from a pipeline applied to transcript datasets of 33 angiosperms that was used to build a database of potential miRNA targets of different plant species. The database contains information describing each miRNA–target pair, their function and evolutionary conservation, while the results are displayed in a user-friendly interface. The tool also allows the search using new miRNAs.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Microrna
dc.subject
Prediccion
dc.subject
Blancos
dc.subject
Plantas
dc.subject.classification
Otras Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
comTAR: a web tool for the prediction and characterization of conserved microRNA targets in plants
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-12-04T19:16:54Z
dc.journal.volume
30
dc.journal.number
14
dc.journal.pagination
2066-2067
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Chorostecki, Uciel Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina
dc.description.fil
Fil: Palatnik, Javier Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina
dc.journal.title
Bioinformatics (Oxford, England)
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/bioinformatics/article/30/14/2066/2390299
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu147
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