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dc.contributor.author
Olivero, Nadia Belén  
dc.contributor.author
Zappia, Victoria Eugenia  
dc.contributor.author
Gargantini, Pablo Ruben  
dc.contributor.author
Human Gonzalez, Candela  
dc.contributor.author
Raya Plasencia, Luciana  
dc.contributor.author
Marquez, Judith  
dc.contributor.author
Ortiz Batsche, Lucia  
dc.contributor.author
Hernandez Morfa, Mirelys  
dc.contributor.author
Cortes, Paulo  
dc.contributor.author
Ceschin, Danilo Guillermo  
dc.contributor.author
Núñez Fernandez, Mariana  
dc.contributor.author
Perez, Daniel R.  
dc.contributor.author
Echenique, Jose Ricardo  
dc.date.available
2025-01-08T10:18:54Z  
dc.date.issued
2024-12  
dc.identifier.citation
Olivero, Nadia Belén; Zappia, Victoria Eugenia; Gargantini, Pablo Ruben; Human Gonzalez, Candela; Raya Plasencia, Luciana; et al.; Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations; MDPI; Viruses; 16; 12; 12-2024; 1-18  
dc.identifier.issn
1999-4915  
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/251981  
dc.description.abstract
Understanding the evolutionary patterns and geographic spread of SARS-CoV-2 variants, particularly Omicron, is essential for effective public health responses. This study focused on the genomic analysis of the Omicron variant in Cordoba, Argentina from 2021 to 2022. Phylogenetic analysis revealed the dominant presence of BA.1 and BA.2 lineages, with BA.5 emerging earlier than BA.4, aligning with observations from other regions. Haplotype network analysis showed significant genetic divergence within Omicron samples, forming distinct clusters. In comparison to global datasets, we identified mutations in the Omicron genomes (A27S, Y145D, and L212I) situated within the NTD region of the Spike protein. These mutations, while not widespread globally, showed higher prevalence in our region. Of particular interest were the Y145D and L212I substitutions, previously unreported in Argentina. In silico analysis revealed that both mutations impact the binding affinity of T-cell epitopes to HLA type I and II alleles. Notably, these alleles are among the most common in the Argentinian population, with some associated with protection against and others with susceptibility to SARS-CoV-2 infection. These findings strongly suggest that these prevalent mutations likely influence the immunogenicity of the Spike protein and contribute to immune evasion mechanisms. This study provides valuable insights into the genomic dynamics of the Omicron variant in Cordoba, Argentina and highlights unique mutations with potential implications for COVID-19 vaccines.  
dc.format
application/pdf  
dc.language.iso
eng  
dc.publisher
MDPI  
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess  
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/  
dc.subject
SARS-CoV-2  
dc.subject
Omicron  
dc.subject
HLA alleles  
dc.subject
T-cell epitopes  
dc.subject
Cordoba  
dc.subject
Argentina  
dc.subject
epidemiology  
dc.subject
COVID-19  
dc.subject.classification
Virología  
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas  
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS  
dc.title
Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations  
dc.type
info:eu-repo/semantics/article  
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo  
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion  
dc.date.updated
2025-01-06T15:40:49Z  
dc.journal.volume
16  
dc.journal.number
12  
dc.journal.pagination
1-18  
dc.journal.pais
Suiza  
dc.journal.ciudad
Basilea  
dc.description.fil
Fil: Olivero, Nadia Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Zappia, Victoria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Gargantini, Pablo Ruben. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Human Gonzalez, Candela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Raya Plasencia, Luciana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Marquez, Judith. Universidad Católica de Córdoba; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Ortiz Batsche, Lucia. University of Georgia; Estados Unidos  
dc.description.fil
Fil: Hernandez Morfa, Mirelys. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Cortes, Paulo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Ceschin, Danilo Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa | Universidad Nacional de Córdoba. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa | Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Núñez Fernandez, Mariana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Química Aplicada; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Perez, Daniel R.. University of Georgia; Estados Unidos  
dc.description.fil
Fil: Echenique, Jose Ricardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina  
dc.journal.title
Viruses  
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.mdpi.com/1999-4915/16/12/1877  
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.3390/v16121877