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dc.contributor.author
Olivero, Nadia Belén
dc.contributor.author
Zappia, Victoria Eugenia
dc.contributor.author
Gargantini, Pablo Ruben
dc.contributor.author
Human Gonzalez, Candela
dc.contributor.author
Raya Plasencia, Luciana
dc.contributor.author
Marquez, Judith
dc.contributor.author
Ortiz Batsche, Lucia
dc.contributor.author
Hernandez Morfa, Mirelys
dc.contributor.author
Cortes, Paulo
dc.contributor.author
Ceschin, Danilo Guillermo
dc.contributor.author
Núñez Fernandez, Mariana
dc.contributor.author
Perez, Daniel R.
dc.contributor.author
Echenique, Jose Ricardo
dc.date.available
2025-01-08T10:18:54Z
dc.date.issued
2024-12
dc.identifier.citation
Olivero, Nadia Belén; Zappia, Victoria Eugenia; Gargantini, Pablo Ruben; Human Gonzalez, Candela; Raya Plasencia, Luciana; et al.; Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations; MDPI; Viruses; 16; 12; 12-2024; 1-18
dc.identifier.issn
1999-4915
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/251981
dc.description.abstract
Understanding the evolutionary patterns and geographic spread of SARS-CoV-2 variants, particularly Omicron, is essential for effective public health responses. This study focused on the genomic analysis of the Omicron variant in Cordoba, Argentina from 2021 to 2022. Phylogenetic analysis revealed the dominant presence of BA.1 and BA.2 lineages, with BA.5 emerging earlier than BA.4, aligning with observations from other regions. Haplotype network analysis showed significant genetic divergence within Omicron samples, forming distinct clusters. In comparison to global datasets, we identified mutations in the Omicron genomes (A27S, Y145D, and L212I) situated within the NTD region of the Spike protein. These mutations, while not widespread globally, showed higher prevalence in our region. Of particular interest were the Y145D and L212I substitutions, previously unreported in Argentina. In silico analysis revealed that both mutations impact the binding affinity of T-cell epitopes to HLA type I and II alleles. Notably, these alleles are among the most common in the Argentinian population, with some associated with protection against and others with susceptibility to SARS-CoV-2 infection. These findings strongly suggest that these prevalent mutations likely influence the immunogenicity of the Spike protein and contribute to immune evasion mechanisms. This study provides valuable insights into the genomic dynamics of the Omicron variant in Cordoba, Argentina and highlights unique mutations with potential implications for COVID-19 vaccines.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
MDPI
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
SARS-CoV-2
dc.subject
Omicron
dc.subject
HLA alleles
dc.subject
T-cell epitopes
dc.subject
Cordoba
dc.subject
Argentina
dc.subject
epidemiology
dc.subject
COVID-19
dc.subject.classification
Virología
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2025-01-06T15:40:49Z
dc.journal.volume
16
dc.journal.number
12
dc.journal.pagination
1-18
dc.journal.pais
Suiza
dc.journal.ciudad
Basilea
dc.description.fil
Fil: Olivero, Nadia Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Zappia, Victoria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Gargantini, Pablo Ruben. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Human Gonzalez, Candela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Raya Plasencia, Luciana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Marquez, Judith. Universidad Católica de Córdoba; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ortiz Batsche, Lucia. University of Georgia; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Hernandez Morfa, Mirelys. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cortes, Paulo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ceschin, Danilo Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa | Universidad Nacional de Córdoba. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa | Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa; Argentina
dc.description.fil
Fil: Núñez Fernandez, Mariana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Química Aplicada; Argentina
dc.description.fil
Fil: Perez, Daniel R.. University of Georgia; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Echenique, Jose Ricardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
dc.journal.title
Viruses
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.mdpi.com/1999-4915/16/12/1877
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.3390/v16121877
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