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dc.contributor.author
Zea, Diego Javier
dc.contributor.author
Anfossi, Diego
dc.contributor.author
Nielsen, Morten
dc.contributor.author
Marino, Cristina Ester
dc.date.available
2017-09-20T19:54:51Z
dc.date.issued
2016-11
dc.identifier.citation
Zea, Diego Javier; Anfossi, Diego; Nielsen, Morten; Marino, Cristina Ester; MIToS.jl: mutual information tools for protein sequence analysis in the Julia language; Oxford University Press; Bioinformatics (Oxford, England); 33; 4; 11-2016; 564-565
dc.identifier.issn
1367-4803
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/24736
dc.description.abstract
Motivation: MIToS is an environment for mutual information analysis and a framework for protein multiple sequence alignments (MSAs) and protein structures (PDB) management in Julia language. It integrates sequence and structural information through SIFTS, making Pfam MSAs analysis straightforward. MIToS streamlines the implementation of any measure calculated from residue contingency tables and its optimization and testing in terms of protein contact prediction. As an example, we implemented and tested a BLOSUM62-based pseudo-count strategy in mutual information analysis. Availability and Implementation: The software is totally implemented in Julia and supported for Linux, OS X and Windows. It's freely available on GitHub under MIT license: http://mitos.leloir.org.ar .
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Julia Language
dc.subject
Mutual Information
dc.subject
Sequence Analysis
dc.subject
Structure Analysis
dc.subject.classification
Otras Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
MIToS.jl: mutual information tools for protein sequence analysis in the Julia language
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-09-08T20:11:12Z
dc.identifier.eissn
1367-4811
dc.journal.volume
33
dc.journal.number
4
dc.journal.pagination
564-565
dc.journal.pais
Reino Unido
dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Zea, Diego Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Anfossi, Diego. Fundación Instituto Leloir; Argentina
dc.description.fil
Fil: Nielsen, Morten. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); Argentina. Technical University of Denmark; Dinamarca
dc.description.fil
Fil: Marino, Cristina Ester. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
dc.journal.title
Bioinformatics (Oxford, England)
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/33/4/564/2608634/MIToS-jl-mutual-information-tools-for-protein?redirectedFrom=fulltext
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw646
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Tamaño:
441.1Kb
Formato:
PDF