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dc.date.available
2024-06-04T11:20:57Z  
dc.identifier.citation
Asis Rodriguez, Marcos Alberto; (2024): Simulaciones de dinamica molecular de bicapas con concentración variable de POPC en presencia de fluralaner. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/236934  
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/236934  
dc.description.abstract
Los siguientes archivos constan de las trayectorias de multiples sistemas de bicapas lipídicas sometidas a simulaciones de dinámica molecular en presencia del insecticida gabaergico fluralaner. Se construyó un sistema control de POPC puro, mientras que los sistemas binarios seleccionados de POPC-POPE y POPC-COL se realizaron con una concentración relativa de 9:1, 7:3 y 1:1, dando origen a 6 sistemas binarios. Todos cuentan con un total de 512 moléculas de lípido (256 por hemicapa), con aproximadamente 62 moléculas de H2O (TIP3p) /lípido, 0,15 M NaCl y 10 moléculas de fluralaner.  
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess  
dc.title
Simulaciones de dinamica molecular de bicapas con concentración variable de POPC en presencia de fluralaner  
dc.type
dataset  
dc.date.updated
2024-06-03T12:18:22Z  
dc.description.fil
Fil: Asis Rodriguez, Marcos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica; Argentina  
dc.rights.license
Datos sujetos al derecho de propiedad intelectual  
dc.datacite.PublicationYear
2024  
dc.datacite.Creator
Asis Rodriguez, Marcos Alberto  
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas  
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica  
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas  
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica  
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas  
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica  
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica  
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas  
dc.datacite.publisher
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas  
dc.datacite.subject
Ciencias de la Información y Bioinformática  
dc.datacite.subject
Ciencias de la Computación e Información  
dc.datacite.subject
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS  
dc.datacite.ContributorType
DataCurator  
dc.datacite.ContributorType
DataCurator  
dc.datacite.ContributorType
DataCurator  
dc.datacite.ContributorName
Miguel, Virginia  
dc.datacite.ContributorName
Sánchez, Mariela Eugenia  
dc.datacite.ContributorName
Garcia, Daniel Asmed  
dc.datacite.date
2022  
dc.datacite.DateType
Creado  
dc.datacite.language
eng  
dc.datacite.version
1.0  
dc.datacite.description
Se utilizó una metodología para realizar Simulaciones de Dinámica Molecular (SDM) de detalle atómico (All Atom, AA), empleando el campo de fuerza Stockholm lipids (Slipids) y el software GROMACS. Inicialmente, se llevó a cabo la equilibración del sistema mediante una minimización energética utilizando el algoritmo steepest descent, seguida de seis pasos de equilibrio. Estos pasos incluyeron dos simulaciones en ensamble NVT con restricciones variables sobre el movimiento de los lípidos, seguidas de cinco pasos en ensamble NPT, donde se redujeron gradualmente las fuerzas de restricción y se aumentó el intervalo de tiempo de simulación. Se aplicó el algoritmo de Berendsen para el baróstato y el termostato, manteniendo una presión semi-isotrópica de 1 bar. Posteriormente, se procedió a la producción de SDM, llevando a cabo 600 ns en ensamble NVT con un intervalo de tiempo de 0,002 fs, utilizando restricciones con el algoritmo LINCS y manteniendo la temperatura constante a 310 K mediante el termostato V-rescale. Se utilizó el baróstato Parrinello-Rahman como baño de presión y se establecieron distancias de corte para las interacciones coulómbicas y de Van der Waals. Además, se incluyeron 10 moléculas de fluralaner en los ensambles previamente producidos, distribuidas aleatoriamente en la fase acuosa utilizando herramientas del paquete GROMACS. Se utilizó el software VMD para remover moléculas de agua que se solaparon con el fluralaner. Una vez completada esta etapa, se volvió a minimizar, equilibrar y producir el sistema como se describió anteriormente. Finalmente, se verificó el equilibrio de los sistemas siguiendo la evolución de la tensión superficial, que alcanzó un valor de cero en todos los sistemas analizados. Esta metodología garantizó la estabilidad y validez de los resultados obtenidos en las simulaciones.  
dc.datacite.DescriptionType
Métodos  
dc.relationtype.isSourceOf
https://ri.conicet.gov.ar/handle/11336/236846  
dc.subject.keyword
Simulaciones de dinámica molecular  
dc.subject.keyword
Membranas modelo  
dc.subject.keyword
Insecticida gabaergico  
dc.datacite.resourceTypeGeneral
dataset  
dc.conicet.datoinvestigacionid
16736  
dc.conicet.justificacion
Archivos creados por computadora  
dc.datacite.formatedDate
2022  

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CHOL30-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relación molar 7:3, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
328.0Mb
CHOL10-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relación molar 9:1, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
334.3Mb
CHOL50-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relación molar 1:1, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
303.1Mb
PE30-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:POPE con relación molar 7:3, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
337.3Mb
PE50-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:POPE con relación molar 1:1, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
333.0Mb
PC100-flura.xtc
Sistema de bicapa POPC puro en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
342.2Mb
PE10-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:POPE con relación molar 9:1, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
339.8Mb
 
 
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