Datos de investigación

Simulaciones de dinamica molecular de bicapas con concentración variable de POPC en presencia de fluralaner

Autores: Asis Rodriguez, Marcos Alberto
Colaboradores: Miguel, VirginiaIcon ; Sánchez, Mariela EugeniaIcon ; Garcia, Daniel AsmedIcon
Publicador: Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Fecha de depósito: 04/06/2024
Fecha de creación: 2022
Clasificación temática:

Resumen

Los siguientes archivos constan de las trayectorias de multiples sistemas de bicapas lipídicas sometidas a simulaciones de dinámica molecular en presencia del insecticida gabaergico fluralaner. Se construyó un sistema control de POPC puro, mientras que los sistemas binarios seleccionados de POPC-POPE y POPC-COL se realizaron con una concentración relativa de 9:1, 7:3 y 1:1, dando origen a 6 sistemas binarios. Todos cuentan con un total de 512 moléculas de lípido (256 por hemicapa), con aproximadamente 62 moléculas de H2O (TIP3p) /lípido, 0,15 M NaCl y 10 moléculas de fluralaner.

Métodos

Se utilizó una metodología para realizar Simulaciones de Dinámica Molecular (SDM) de detalle atómico (All Atom, AA), empleando el campo de fuerza Stockholm lipids (Slipids) y el software GROMACS. Inicialmente, se llevó a cabo la equilibración del sistema mediante una minimización energética utilizando el algoritmo steepest descent, seguida de seis pasos de equilibrio. Estos pasos incluyeron dos simulaciones en ensamble NVT con restricciones variables sobre el movimiento de los lípidos, seguidas de cinco pasos en ensamble NPT, donde se redujeron gradualmente las fuerzas de restricción y se aumentó el intervalo de tiempo de simulación. Se aplicó el algoritmo de Berendsen para el baróstato y el termostato, manteniendo una presión semi-isotrópica de 1 bar. Posteriormente, se procedió a la producción de SDM, llevando a cabo 600 ns en ensamble NVT con un intervalo de tiempo de 0,002 fs, utilizando restricciones con el algoritmo LINCS y manteniendo la temperatura constante a 310 K mediante el termostato V-rescale. Se utilizó el baróstato Parrinello-Rahman como baño de presión y se establecieron distancias de corte para las interacciones coulómbicas y de Van der Waals. Además, se incluyeron 10 moléculas de fluralaner en los ensambles previamente producidos, distribuidas aleatoriamente en la fase acuosa utilizando herramientas del paquete GROMACS. Se utilizó el software VMD para remover moléculas de agua que se solaparon con el fluralaner. Una vez completada esta etapa, se volvió a minimizar, equilibrar y producir el sistema como se describió anteriormente. Finalmente, se verificó el equilibrio de los sistemas siguiendo la evolución de la tensión superficial, que alcanzó un valor de cero en todos los sistemas analizados. Esta metodología garantizó la estabilidad y validez de los resultados obtenidos en las simulaciones.
Palabras clave: Simulaciones de dinámica molecular, Membranas modelo, Insecticida gabaergico
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Identificador del recurso
URI: http://hdl.handle.net/11336/236934
Colecciones
Datos de Investigación(IIBYT)
Datos de Investigación de INSTITUTO DE INVESTIGACIONES BIOLOGICAS Y TECNOLOGICAS
Citación
Asis Rodriguez, Marcos Alberto; (2024): Simulaciones de dinamica molecular de bicapas con concentración variable de POPC en presencia de fluralaner. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/236934
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CHOL30-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relación molar 7:3, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
328.0Mb
CHOL10-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relación molar 9:1, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
334.3Mb
CHOL50-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relación molar 1:1, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
303.1Mb
PE30-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:POPE con relación molar 7:3, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
337.3Mb
PE50-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:POPE con relación molar 1:1, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
333.0Mb
PC100-flura.xtc
Sistema de bicapa POPC puro en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
342.2Mb
PE10-flura.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:POPE con relación molar 9:1, en presencia de fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
339.8Mb
 
 
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