Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils

Abstract

We examined four strategies (Tris/EDTA, sodium dodecyl sulfate, Chelex 100 resin and cetyltrimethylammonium bromide -CTAB-) for extracting nucleic acid (DNA) from communities of nematodes. Nematodes were isolated from an agricultural area under different management of long-term crop rotation experiment from Argentina during three seasons. After DNA extraction, Polymerase Chain Reaction-amplifications were performed and considered as indicators of successful DNA extraction. The CTAB combined with proteinase K and phenol-chloroform-isoamyl alcohol was the unique successful method because positive amplifications were obtained by using both eukaryotic and nematode specific primers. This work could contribute to biodiversity studies of nematodes on agroecosystems.

Foram examinadas quatro estratégias (Tris / EDTA, dodecilsulfato de sódio, resina Chelex 100 e brometo de cetiltrimetilamónio -CTAB-) para a extração de ácido nucleico (DNA) das comunidades de nematóides. Os nematóides foram isolados a partir de uma área agrícola sob manejo diferente num experimento de rotação de culturas de longo prazo, durante três temporadas na Argentina. Após a extração de DNA, a reação em cadeia da polimerase e amplificações foram realizadas e consideradas como indicadoras da extração de DNA com sucesso. O CTAB combinada com proteinase K e álcool fenol-clorofórmio-isoamílico foi o único método bem sucedido porque as amplificações positivas foram obtidas utilizando ambos os primers específicos para os eucariótas e nematóides. Este trabalho poderá contribuir para o estudo da biodiversidade de nematóides em agroecossistemas.