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Artículo

FoldAffinity: Binding affinities from nDSF experiments

Niebling, Stephan; Burastero, OsvaldoIcon ; Bürgi, Jérôme; Günther, Christian; Defelipe, Lucas AlfredoIcon ; Sander, Simon; Gattkowski, Ellen; Anjanappa, Raghavendra; Wilmanns, Matthias; Springer, Sebastian; Tidow, Henning; García Alai, María
Fecha de publicación: 12/2021
Editorial: Nature Publishing Group
Revista: Scientific Reports
e-ISSN: 2045-2322
Idioma: Inglés
Tipo de recurso: Artículo publicado
Clasificación temática:
Otras Ciencias Químicas

Resumen

Differential scanning fluorimetry (DSF) using the inherent fluorescence of proteins (nDSF) is a popular technique to evaluate thermal protein stability in different conditions (e.g. buffer, pH). In many cases, ligand binding increases thermal stability of a protein and often this can be detected as a clear shift in nDSF experiments. Here, we evaluate binding affinity quantification based on thermal shifts. We present four protein systems with different binding affinity ligands, ranging from nM to high μM. Our study suggests that binding affinities determined by isothermal analysis are in better agreement with those from established biophysical techniques (ITC and MST) compared to apparent Kds obtained from melting temperatures. In addition, we describe a method to optionally fit the heat capacity change upon unfolding (Δ Cp) during the isothermal analysis. This publication includes the release of a web server for easy and accessible application of isothermal analysis to nDSF data.
Palabras clave: NanoDSF , Isothermal Analysis , Affinity Determination
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info:eu-repo/semantics/openAccess Excepto donde se diga explícitamente, este item se publica bajo la siguiente descripción: Creative Commons Attribution 2.5 Unported (CC BY 2.5)
Identificadores
URI: http://hdl.handle.net/11336/182430
URL: http://www.nature.com/articles/s41598-021-88985-z
DOI: http://dx.doi.org/10.1038/s41598-021-88985-z
Colecciones
Articulos(IQUIBICEN)
Articulos de INSTITUTO DE QUIMICA BIOLOGICA DE LA FACULTAD DE CS. EXACTAS Y NATURALES
Citación
Niebling, Stephan; Burastero, Osvaldo; Bürgi, Jérôme; Günther, Christian; Defelipe, Lucas Alfredo; et al.; FoldAffinity: Binding affinities from nDSF experiments; Nature Publishing Group; Scientific Reports; 11; 1; 12-2021; 1-17
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