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dc.contributor.author
Nitsche, Matias Alejandro  
dc.contributor.author
Ferreria, Manuel  
dc.contributor.author
Mocskos, Esteban Eduardo  
dc.contributor.author
González Lebrero, Mariano Camilo  
dc.date.available
2017-06-12T15:50:14Z  
dc.date.issued
2014-02  
dc.identifier.citation
Nitsche, Matias Alejandro; Ferreria, Manuel; Mocskos, Esteban Eduardo; González Lebrero, Mariano Camilo; GPU accelerated implementation of density functional theory for hybrid QM/MM simulations; American Chemical Society; Journal Of Chemical Theory And Computation; 10; 3; 2-2014; 959-967  
dc.identifier.issn
1549-9618  
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/17976  
dc.description.abstract
The hybrid simulation tools (QM/MM) evolved into a fundamental methodology for studying chemical reactivity in complex environments. This paper presents an implementation of electronic structure calculations based on density functional theory. This development is optimized for performing hybrid molecular dynamics simulations by making use of graphic processors (GPU) for the most computationally demanding parts (exchange-correlation terms). The proposed implementation is able to take advantage of modern GPUs achieving acceleration in relevant portions between 20 to 30 times faster than the CPU version. The presented code was extensively tested, both in terms of numerical quality and performance over systems of different size and composition.  
dc.format
application/pdf  
dc.language.iso
eng  
dc.publisher
American Chemical Society  
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess  
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/  
dc.subject
Dft  
dc.subject
Qm/Mm  
dc.subject
Gpu  
dc.subject.classification
Otras Ciencias Químicas  
dc.subject.classification
Ciencias Químicas  
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS  
dc.title
GPU accelerated implementation of density functional theory for hybrid QM/MM simulations  
dc.type
info:eu-repo/semantics/article  
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo  
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion  
dc.date.updated
2017-06-09T15:01:44Z  
dc.journal.volume
10  
dc.journal.number
3  
dc.journal.pagination
959-967  
dc.journal.pais
Estados Unidos  
dc.journal.ciudad
Washington  
dc.description.fil
Fil: Nitsche, Matias Alejandro. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Computación; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Ferreria, Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Simulación Computacional para Aplicaciones Tecnológicas; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Mocskos, Esteban Eduardo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Computación; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Simulación Computacional para Aplicaciones Tecnológicas; Argentina  
dc.description.fil
Fil: González Lebrero, Mariano Camilo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; Argentina  
dc.journal.title
Journal Of Chemical Theory And Computation  
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct400308n  
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1021/ct400308n