Diferencias en el microbioma vaginal de cerdas preñadas por monta e inseminación artificial

Abstract

El microbioma del tracto urogenital influye en su homeostasis y en la función reproductiva, poblaciones bacterianas vaginales previenen la colonización por patógenos y proveen microorganismos durante la colonización temprana de mucosas en las crías. Para estudiar las comunidades bacterianas de vagina de cachorras (CV), de cerdas preñadas por servicio natural (SN) y por inseminación artificial (IA), se tomaron muestras higienizando la vulva y colocando vaginoscopio para observación y raspado de la mucosa del fórnix. Se extrajo el ADN total, se amplificó la región V3-V4 del ARNr-16S (cebadores 343F y 802R); los productos secuenciados (MiSeq Illumina v3) se analizaron (QIIME) y las unidades taxonómicas operativas (OTUs), identificadas por comparación con bases de datos (Greengenes v.13.8 y NCBI-Blast v2.2.27). La riqueza y α-diversidad de los tres grupos fue similar (estimadores Chao1 y Shannon, Kruskal-Wallis p<0,05); se detectaron diferencias (PERMANOVA p=0,006) en la β-diversidad (similaridad de Bray-Curtis) de las comunidades bacterianas. La identificación de OTUs indicó: i-filos más prevalentes: Proteobacteria, Firmicutes, Cyanobacteria y Actinobacteria. ii-familias más abundantes (56 identificadas): Clostridiaceae, Enterobacteriaceae y Lactobacillaceae. iii-géneros con abundancias >5%: Lactobacillus, Acinetobacter y Burkholdelia. Comparando los tres grupos (Kruskal-Wallis, p<0,05), en IA fueron significativamente más abundantes Proteobacteria, Enterobacter, Acinetobacter y Pseudomonas; mientras Firmicutes fue significativamente menor. Streptococcus fue más abundante en SN y Lactobacillus y Bacillus lo fueron en CV. Conclusión: diferencias en las estructuras de las comunidades microbianas vaginales son inducidas por el manejo reproductivo. El conocimiento de este microbioma permitirá el diseño de estrategias para mejorar la performance de la cerda y su camada.