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dc.contributor
Rasia, Rodolfo Maximiliano
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dc.contributor.author
Mascali, Florencia Carla
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dc.date.available
2020-01-24T19:36:09Z
dc.date.issued
2019-03-11
dc.identifier.citation
Mascali, Florencia Carla; Rasia, Rodolfo Maximiliano; Estructura de complejos dsRBD:pri-miRNA a través de restricciones obtenidas por etiquetas paramagnéticas y fluorescentes; 11-3-2019
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/95793
dc.description.abstract
Los miARNs son moléculas de ARN pequeñas que están involucradas en la regulación de procesos fundamentales como el desarrollo, resistencia a estrés y respuestas a hormonas. Su biogénesis comienza con la transcripción de fragmentos más largos que son procesados en forma precisa por la maquinaria de procesamiento. Estos precursores son sumamente heterogéneos en plantas y el modo de reconocimiento de la maquinaria de procesamiento aún no ha sido resuelto. Por ello resulta interesante estudiar, desde una perspectiva estructural, la participación de las proteínas que forman parte del complejo. En particular, este trabajo de Tesis se centra en la proteína de procesamiento de miARN HYL1 de Arabidopsis thaliana. HYL1 posee dos dominios de unión a ARN doble hebra (dsRBD) unidos por un linker. A partir de una búsqueda bioinformática se analizó la conservación de tamaño y de secuencia del linker en proteínas que contienen dobles dsRBDs en distintas especies. Se pudo concluir que el largo del linker está muy conservado en especies plantas, en contraste con lo que se observa en especies del reino animal. Para comprender el rol de HYL1 dentro del complejo se planteó estudiar la distribución espacial que podrían presentar sus dominios de unión a ARN cuando están libres y/o unidos a ARN. En forma experimental se llevaron a cabo estudios que dan medidas de distancia en escala de nanómetros, en el rango de distancias que separan los dominios. Estas medidas se utilizaron luego en la selección de estructuras probables dentro de un conjunto de estructuras posibles generadas in silico. Las medidas fueron obtenidas a partir de técnicas de resonancia magnética sobre muestras que contienen la etiqueta LBT (Lanthanide Binding Tag). Se midió Pulsed Electron DOuble Resonance (PELDOR) entre las sondas para estimar la distancia entre dominios, tanto en forma libre como unida a ARN. La calidad de los datos obtenidos no permitió modelar con precisión la posible distribución de distancias. Por otro lado, se realizaron experimentos de Relajación Paramagnética Electrónica (PRE) midiendo la relajación producida en cada núcleo, la cual está relacionada con la distancia entre dichos núcleos y la sonda. Para la generación de estructuras posibles se trabajó con los programas Modeller y Rosetta, utilizando como molde estructuras cristalográficas disponibles en bases de datos. Con las medidas experimentales se seleccionó una subpoblación de estructuras que ilustra la dinámica entre los dominios cuando están libres utilizando código generado con el lenguaje Python. Las estructuras seleccionadas mostraron una notable cercanía entre sí, en donde los dos dominios se acercan por una de sus caras. Los experimentos sugieren que los dos dominios dsRBDs de HYL1 se mueven libremente, y que la longitud y posición del linker producen una asimetría en la libertad conformacional que estaría dada por restricciones geométricas simples.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
spa
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
dc.subject
linker entre dsRBD
dc.subject
Python
dc.subject
PRE
dc.subject
PELDOR
dc.subject.classification
Biofísica
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Estructura de complejos dsRBD:pri-miRNA a través de restricciones obtenidas por etiquetas paramagnéticas y fluorescentes
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type
info:ar-repo/semantics/tesis doctoral
dc.date.updated
2019-10-23T14:26:40Z
dc.description.fil
Fil: Mascali, Florencia Carla. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina
dc.relation.isreferencedin
info:eu-repo/semantics/reference/url/https://doi.org/10.1002/anie.201603653
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://rephip.unr.edu.ar/handle/2133/16304
dc.conicet.grado
Universitario de posgrado/doctorado
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dc.conicet.titulo
Doctora en Ciencias Biológicas
dc.conicet.rol
Autor
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dc.conicet.rol
Director
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dc.conicet.otorgante
Universidad Nacional de Rosario
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