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dc.contributor.author
Kozub, Perla Carolina
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dc.contributor.author
Barboza Rojas, Karina
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dc.contributor.author
Cavagnaro, Juan Bruno
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dc.contributor.author
Cavagnaro, Pablo Federico
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dc.date.available
2019-12-20T20:24:48Z
dc.date.issued
2018-05
dc.identifier.citation
Kozub, Perla Carolina; Barboza Rojas, Karina; Cavagnaro, Juan Bruno; Cavagnaro, Pablo Federico; Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species; Universidad Nacional de Cuyo; Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional de Cuyo; 50; 1; 5-2018; 1-16
dc.identifier.issn
0370-4661
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/92671
dc.description.abstract
Trichloris crinita es una importante gramínea forrajera, nativa de regiones áridas del continente americano. A pesar de su importancia, no existen herramientas moleculares ni secuencias nucleotídicas disponibles para esta especie. En este estudio, se desarrollaron marcadores moleculares SSR (“simple sequence repeats”) a partir de secuencias nucleotídicas de especies filogenéticamente cercanas a Trichloris (Eleusine coracana, Cynodon dactylon y ‘Cynodon dactylon x Cynodon transvaalensis’) y se evaluó su transferibilidad en ocho accesiones de T. crinita y cinco especies de gramíneas cercanamente emparentadas. De los 105 pares de cebadores evaluados, 16 amplificaron productos del tamaño esperado en T. crinita, mientras que la transferibilidad a otras especies varió entre 12 (en Chloris castilloniana) y 28 SSRs (en Eleusine coracana). De los 16 SSRs transferibles a T. crinita, seis fueron polimórficos y se utilizaron para analizar el grado de diversidad genética en ocho accesiones de esta especie. El análisis reveló 23 alelos, los cuales permitieron diferenciar todas las accesiones de T. crinita, con valores de similitud genética entre pares de accesiones de 0,35 a 0,81 (Jaccard). Se obtuvieron valores medios de heterocigosidad observada y esperada de 0,53 y 0,63 respectivamente.
dc.description.abstract
Trichloris crinita is among the most important native forage grasses in arid regions of America. Despite its importance, molecular resources and sequence data are extremely scarce in this species. In the present study, SSR markers were developed using available DNA sequences from grass taxa phylogenetically-related to Trichloris (Eleusine coracana, Cynodon dactylon and ?Cynodon dactylon x Cynodon transvaalensis?). Marker transferability was evaluated in a panel of 8 T. crinita accessions and 5 closely-related species. Of the 105 SSR primer pairs evaluated, 16 amplified products of expected size in T. crinita, whereas transferability to other grass species ranged from 12 (in Chloris castilloniana) to 28 SSRs (in Eleusine coracana). Six of the 16 SSR markers successfully transferred to T. crinita (37.5%) were polymorphic, and were further used to assess genetic diversity in 8 T. crinita accessions. The analysis revealed a total of 23 SSR alleles (3.83 alleles/locus), allowing the discrimination of all T. crinita accessions, with pair-wise genetic similarities ranging from 0.35 to 0.81 (Jaccard coefficient). Mean (and range) values for observed (Ho) and expected heterozygosity (He) were 0.53 (0.0-1.0) and 0.63 (0.48-0.79), respectively. The present study represents the first report on SSR markers development and evaluation in T. crinita.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Universidad Nacional de Cuyo
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
TRICHLORIS CRINITA
dc.subject
SSR MARKERS
dc.subject
GENETIC DIVERSITY
dc.subject
MARKER TRANSFERABILITY
dc.subject.classification
Agricultura
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dc.subject.classification
Agricultura, Silvicultura y Pesca
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dc.subject.classification
CIENCIAS AGRÍCOLAS
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dc.title
Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species
dc.title
Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2019-10-15T14:12:42Z
dc.identifier.eissn
1853-8665
dc.journal.volume
50
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
1-16
dc.journal.pais
Argentina
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dc.journal.ciudad
Mendoza
dc.description.fil
Fil: Kozub, Perla Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina
dc.description.fil
Fil: Barboza Rojas, Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Mendoza-San Juan. Estación Experimental Agropecuaria La Consulta; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cavagnaro, Juan Bruno. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cavagnaro, Pablo Federico. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Departamento de Ciencias Biológicas. Cátedra de Fisiología Vegetal; Argentina
dc.journal.title
Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional de Cuyo
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://revista.fca.uncu.edu.ar/images/stories/pdfs/2018-01/Cp_1_Cavagnaro.pdf
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