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dc.contributor.author
Amundarain, María Julia
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dc.contributor.author
Viso, Juan Francisco
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dc.contributor.author
Zamarreño, Fernando
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dc.contributor.author
Giorgetti, Alejandro
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dc.contributor.author
Costabel, Marcelo Daniel
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dc.date.available
2019-12-11T15:16:55Z
dc.date.issued
2019-05-04
dc.identifier.citation
Amundarain, María Julia; Viso, Juan Francisco; Zamarreño, Fernando; Giorgetti, Alejandro; Costabel, Marcelo Daniel; Orthosteric and benzodiazepine cavities of the α1β2γ2 GABAA receptor: insights from
experimentally validated in silico methods; Adenine Press; Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics; 37; 6; 04-5-2019; 1597-1615
dc.identifier.issn
0739-1102
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/91985
dc.description.abstract
γ-aminobutyric acid-type A (GABA A ) receptors mediate fast synaptic inhibition in the central nervous system of mammals. They are modulated via several sites by numerous compounds, which include GABA, benzodiazepines, ethanol, neurosteroids and anaesthetics among others. Due to their potential as targets of novel drugs, a detailed knowledge of their structure–function relationships is needed. Here, we present the model of the α 1 β 2 γ 2 subtype GABA A receptor in the APO state and in complex with selected ligands, including agonists, antagonists and allosteric modulators. The model is based on the crystallographic structure of the human β 3 homopentamer GABA A receptor. The complexes were refined using atomistic molecular dynamics simulations. This allowed a broad description of the binding modes and the detection of important interactions in agreement with experimental information. From the best of our knowledge, this is the only model of the α 1 β 2 γ 2 GABA A receptor that represents altogether the desensitized state of the channel and comprehensively describes the interactions of ligands of the orthosteric and benzodiazepines binding sites in agreement with the available experimental data. Furthermore, it is able to explain small differences regarding the binding of a variety of chemically divergent ligands. Finally, this new model may pave the way for the design of focused experimental studies that will allow a deeper description of the receptor.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Adenine Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
BENZODIAZEPINES
dc.subject
DOCKING
dc.subject
GABAAR
dc.subject
HOMOLOGY MODELLING
dc.subject
MOLECULAR DYNAMICS
dc.subject.classification
Física de los Materiales Condensados
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dc.subject.classification
Ciencias Físicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Orthosteric and benzodiazepine cavities of the α1β2γ2 GABAA receptor: insights from
experimentally validated in silico methods
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2019-10-22T17:29:10Z
dc.journal.volume
37
dc.journal.number
6
dc.journal.pagination
1597-1615
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.description.fil
Fil: Amundarain, María Julia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Física del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Física. Instituto de Física del Sur; Argentina
dc.description.fil
Fil: Viso, Juan Francisco. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Física del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Física. Instituto de Física del Sur; Argentina
dc.description.fil
Fil: Zamarreño, Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Física del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Física. Instituto de Física del Sur; Argentina
dc.description.fil
Fil: Giorgetti, Alejandro. Universita di Verona; Italia. Forschungszentrum Jülich; Alemania
dc.description.fil
Fil: Costabel, Marcelo Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Física del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Física. Instituto de Física del Sur; Argentina
dc.journal.title
Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1080/07391102.2018.1462733
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/07391102.2018.1462733
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