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dc.contributor.author
Cambiaso, Vladimir
dc.contributor.author
Pratta, Guillermo Raúl
dc.contributor.author
Pereira Da Costa, Javier Hernán
dc.contributor.author
Zorzoli, Roxana
dc.contributor.author
Francis, David Merrill
dc.contributor.author
Rodríguez, Gustavo Rubén
dc.date.available
2019-11-27T22:08:49Z
dc.date.issued
2019-03
dc.identifier.citation
Cambiaso, Vladimir; Pratta, Guillermo Raúl; Pereira Da Costa, Javier Hernán; Zorzoli, Roxana; Francis, David Merrill; et al.; Whole genome re-sequencing analysis of two tomato genotypes for polymorphism insight in cloned genes and a genetic map construction; Elsevier Science; Scientia Horticulturae; 247; 3-2019; 58-66
dc.identifier.issn
0304-4238
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/90741
dc.description.abstract
Next generation sequencing technologies have become affordable for most plant breeding programs. In this study we sequenced the entire genome of the Solanum lycopersicum L. cultivar Caimanta and S. pimpinellifolium L. accession LA0722 with assembly relative to the Heinz 1706 reference version SL2.50. We present 1) analysis of the amount and distribution of polymorphism in “Caimanta” and “LA0722” 2) examination of alleles in candidate genes affecting disease resistance, fruit shape, fruit weight and fruit quality and 3) development of molecular markers to construct a genetic linkage map based on a F2 population. A total of 1,397,518 polymorphisms were detected in the comparison between “Caimanta” and “LA0722”. A resistant allele for Rx4/Xv3 was detected by sequence, and confirmed through inoculation. - We developed a set of insertion/deletion (InDel) DNA markers that can be multiplexed and scored using easily accessed genotyping platforms. These markers were used to construct a genetic linkage map. We demonstrate that the whole genome sequencing of parental lines can be successfully used to reveal phenotypes and characterize a reference population through easily accessed genotyping strategies.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Elsevier Science
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
dc.subject
INDEL MARKERS
dc.subject
LINKAGE MAP
dc.subject
NEXT GENERATION SEQUENCING
dc.subject
SOLANUM SPP.
dc.subject
VARIANT CALLING
dc.subject.classification
Horticultura, Viticultura
dc.subject.classification
Agricultura, Silvicultura y Pesca
dc.subject.classification
CIENCIAS AGRÍCOLAS
dc.title
Whole genome re-sequencing analysis of two tomato genotypes for polymorphism insight in cloned genes and a genetic map construction
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2019-10-23T20:48:12Z
dc.journal.volume
247
dc.journal.pagination
58-66
dc.journal.pais
Países Bajos
dc.journal.ciudad
Amsterdam
dc.description.fil
Fil: Cambiaso, Vladimir. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina
dc.description.fil
Fil: Pratta, Guillermo Raúl. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina
dc.description.fil
Fil: Pereira Da Costa, Javier Hernán. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina
dc.description.fil
Fil: Zorzoli, Roxana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina
dc.description.fil
Fil: Francis, David Merrill. Ohio State University; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Rodríguez, Gustavo Rubén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina
dc.journal.title
Scientia Horticulturae
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304423818308732
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1016/j.scienta.2018.12.001
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