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dc.contributor.author
Colell, Eloy A.
dc.contributor.author
Iserte, Javier Alonso
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dc.contributor.author
Simonetti, Franco Lucio
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dc.contributor.author
Marino Buslje, Cristina
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dc.date.available
2019-11-07T18:31:45Z
dc.date.issued
2018-07
dc.identifier.citation
Colell, Eloy A.; Iserte, Javier Alonso; Simonetti, Franco Lucio; Marino Buslje, Cristina; MISTIC2: Comprehensive server to study coevolution in protein families; Oxford University Press; Nucleic Acids Research; 46; W1; 7-2018; 323-328
dc.identifier.issn
0305-1048
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/88202
dc.description.abstract
Correlated mutations between residue pairs in evolutionarily related proteins arise from constraints needed to maintain a functional and stable protein. Identifying these inter-related positions narrows down the search for structurally or functionally important sites. MISTIC is a server designed to assist users to calculate covariation in protein families and provide them with an interactive tool to visualize the results. Here, we present MISTIC2, an update to the previous server, that allows to calculate four covariation methods (MIp, mfDCA, plmDCA and gaussianDCA). The results visualization framework has been reworked for improved performance, compatibility and user experience. It includes a circos representation of the information contained in the alignment, an interactive covariation network, a 3D structure viewer and a sequence logo. Others components provide additional information such as residue annotations, a roc curve for assessing contact prediction, data tables and different ways of filtering the data and exporting figures. Comparison of different methods is easily done and scores combination is also possible. A newly implemented web service allows users to access MISTIC2 programmatically using an API to calculate covariation and retrieve results. MISTIC2 is available at: https://mistic2.leloir.org.ar.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Coevolution
dc.subject
Protein-protein interactions
dc.subject
Covariation
dc.subject.classification
Ciencias de la Información y Bioinformática
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dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
MISTIC2: Comprehensive server to study coevolution in protein families
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2019-10-22T17:32:00Z
dc.identifier.eissn
1362-4962
dc.journal.volume
46
dc.journal.number
W1
dc.journal.pagination
323-328
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Colell, Eloy A.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Iserte, Javier Alonso. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Simonetti, Franco Lucio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Marino Buslje, Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
dc.journal.title
Nucleic Acids Research
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1093/nar/gky419
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/nar/article/46/W1/W323/5037718
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