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dc.contributor.author
Delfino, Cecilia María
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dc.contributor.author
Cerrudo, Carolina Susana
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dc.contributor.author
Biglione, Mirna Marcela
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dc.contributor.author
Oubiña, Jose Raul
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dc.contributor.author
Ghiringhelli, Pablo Daniel
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dc.contributor.author
Mathet, Veronica Lidia
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dc.date.available
2019-10-29T20:16:20Z
dc.date.issued
2018-07
dc.identifier.citation
Delfino, Cecilia María; Cerrudo, Carolina Susana; Biglione, Mirna Marcela; Oubiña, Jose Raul; Ghiringhelli, Pablo Daniel; et al.; A comprehensive bioinformatic analysis of hepatitis D virus full-length genomes; Wiley Blackwell Publishing, Inc; Journal Of Viral Hepatitis.; 25; 7; 7-2018; 860-869
dc.identifier.issn
1352-0504
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/87613
dc.description.abstract
In association with hepatitis B virus (HBV), hepatitis delta virus (HDV) is a subviral agent that may promote severe acute and chronic forms of liver disease. Based on the percentage of nucleotide identity of the genome, HDV was initially classified into three genotypes. However, since 2006, the original classification has been further expanded into eight clades/genotypes. The intergenotype divergence may be as high as 35%-40% over the entire RNA genome, whereas sequence heterogeneity among the isolates of a given genotype is <20%; furthermore, HDV recombinants have been clearly demonstrated. The genetic diversity of HDV is related to the geographic origin of the isolates. This study shows the first comprehensive bioinformatic analysis of the complete available set of HDV sequences, using both nucleotide and protein phylogenies (based on an evolutionary model selection, gamma distribution estimation, tree inference and phylogenetic distance estimation), protein composition analysis and comparison (based on the presence of invariant residues, molecular signatures, amino acid frequencies and mono- and di-amino acid compositional distances), as well as amino acid changes in sequence evolution. Taking into account the congruent and consistent results of both nucleotide and amino acid analyses of GenBank available sequences (recorded as of January, 2017), we propose that the eight hepatitis D virus genotypes may be grouped into three large genogroups fully supported by their shared characteristics.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Wiley Blackwell Publishing, Inc
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
BIOINFORMATICS
dc.subject
GENOGROUP
dc.subject
GENOTYPE
dc.subject
HEPATITIS DELTA VIRUS
dc.subject
NUCLEOTIDE
dc.subject
PROTEIN PHYLOGENIES
dc.subject.classification
Epidemiología
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dc.subject.classification
Ciencias de la Salud
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dc.subject.classification
CIENCIAS MÉDICAS Y DE LA SALUD
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dc.title
A comprehensive bioinformatic analysis of hepatitis D virus full-length genomes
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2019-10-10T14:58:40Z
dc.journal.volume
25
dc.journal.number
7
dc.journal.pagination
860-869
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Londres
dc.description.fil
Fil: Delfino, Cecilia María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cerrudo, Carolina Susana. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Biglione, Mirna Marcela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Oubiña, Jose Raul. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ghiringhelli, Pablo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Mathet, Veronica Lidia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
dc.journal.title
Journal Of Viral Hepatitis.
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1111/jvh.12876
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://doi.wiley.com/10.1111/jvh.12876
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