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dc.contributor.author
Pometti, Carolina Luciana
dc.contributor.author
Bessega, Cecilia Fabiana
dc.contributor.author
Saidman, Beatriz Ofelia
dc.contributor.author
Vilardi, Juan Cesar
dc.date.available
2019-10-11T21:18:47Z
dc.date.issued
2014-10
dc.identifier.citation
Pometti, Carolina Luciana; Bessega, Cecilia Fabiana; Saidman, Beatriz Ofelia; Vilardi, Juan Cesar; Analysis of genetic population structure in Acacia caven (Leguminosae, Mimosoideae), comparing one exploratory and two Bayesian-model-based methods; Sociedade Brasileira de Genética; Genetics and Molecular Biology; 37; 1; 10-2014; 64-72
dc.identifier.issn
1415-4757
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/85829
dc.description.abstract
Bayesian clustering as implemented in STRUCTURE or GENELAND software is widely used to form genetic groups of populations or individuals. On the other hand, in order to satisfy the need for less computer-intensive approaches, multivariate analyses are specifically devoted to extracting information from large datasets. In this paper, we report the use of a dataset of AFLP markers belonging to 15 sampling sites of Acacia caven for studying the genetic structure and comparing the consistency of three methods: STRUCTURE, GENELAND and DAPC. Of these methods, DAPC was the fastest one and showed accuracy in inferring the K number of populations (K = 12 using the find.clusters option and K = 15 with a priori information of populations). GENELAND in turn, provides information on the area of membership probabilities for individuals or populations in the space, when coordinates are specified (K = 12). STRUCTURE also inferred the number of K populations and the membership probabilities of individuals based on ancestry, presenting the result K = 11 without prior information of populations and K = 15 using the LOCPRIOR option. Finally, in this work all three methods showed high consistency in estimating the population structure, inferring similar numbers of populations and the membership probabilities of individuals to each group, with a high correlation between each other.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Sociedade Brasileira de Genética
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
ACACIA CAVEN
dc.subject
AFLP
dc.subject
DAPC
dc.subject
GENELAND
dc.subject.classification
Genética y Herencia
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Analysis of genetic population structure in Acacia caven (Leguminosae, Mimosoideae), comparing one exploratory and two Bayesian-model-based methods
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2019-10-04T18:39:35Z
dc.identifier.eissn
1678-4685
dc.journal.volume
37
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
64-72
dc.journal.pais
Brasil
dc.journal.ciudad
Ribeirão Preto
dc.description.fil
Fil: Pometti, Carolina Luciana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Ecología, Genética y Evolución. Laboratorio de Genética; Argentina
dc.description.fil
Fil: Bessega, Cecilia Fabiana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Ecología, Genética y Evolución. Laboratorio de Genética; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Saidman, Beatriz Ofelia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Ecología, Genética y Evolución. Laboratorio de Genética; Argentina
dc.description.fil
Fil: Vilardi, Juan Cesar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Cs.exactas y Naturales. Departamento de Ecología, Genética y Evolución. Genética de Población Aplicadas; Argentina
dc.journal.title
Genetics and Molecular Biology
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1590/S1415-47572014000100012
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://ref.scielo.org/yqftnb
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