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Artículo

WATCLUST: a tool for improving the design of drugs based on protein-water interactions

Lopez, Elias DanielIcon ; Arcon, Juan PabloIcon ; Gauto, Diego FernandoIcon ; Petruk, Ariel AlcidesIcon ; Modenutti, Carlos PabloIcon ; Dumas, Victoria GiselIcon ; Marti, Marcelo AdrianIcon ; Turjanski, AdrianIcon
Fecha de publicación: 05/2015
Editorial: Oxford University Press
Revista: Bioinformatics (Oxford, England)
ISSN: 1367-4803
Idioma: Inglés
Tipo de recurso: Artículo publicado
Clasificación temática:
Ciencias de la Información y Bioinformática

Resumen

Motivation: Water molecules are key players for protein folding and function. On the protein surface, water is not placed randomly, but display instead a particular structure evidenced by the presence of specific water sites (WS). These WS can be derived and characterized using explicit water Molecular Dynamics simulations, providing useful information for ligand binding prediction and design. Here we present WATCLUST, a WS determination and analysis tool running on the VMD platform. The tool also allows direct transfer of the WS information to Autodock program to perform biased docking. Availability and implementation: The WATCLUST plugin and documentation are freely available at http://sbg.qb.fcen.uba.ar/watclust/.
Palabras clave: Water Sites , Docking , Autodock , Vmd
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info:eu-repo/semantics/openAccess Excepto donde se diga explícitamente, este item se publica bajo la siguiente descripción: Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 2.5 Unported (CC BY-NC-SA 2.5)
Identificadores
URI: http://hdl.handle.net/11336/84581
URL: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/31/22/3697/240366
DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv411
Colecciones
Articulos(IBR)
Articulos de INST.DE BIOLOGIA MOLECULAR Y CELULAR DE ROSARIO
Articulos(INQUIMAE)
Articulos de INST.D/QUIM FIS D/L MATERIALES MEDIOAMB Y ENERGIA
Articulos(IQUIBICEN)
Articulos de INSTITUTO DE QUIMICA BIOLOGICA DE LA FACULTAD DE CS. EXACTAS Y NATURALES
Citación
Lopez, Elias Daniel; Arcon, Juan Pablo; Gauto, Diego Fernando; Petruk, Ariel Alcides; Modenutti, Carlos Pablo; et al.; WATCLUST: a tool for improving the design of drugs based on protein-water interactions; Oxford University Press; Bioinformatics (Oxford, England); 31; 22; 5-2015; 3697-3699
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