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Artículo

Diversity of small RNAs expressed in Pseudomonas species

Gómez Lozano, María; Marvig, Rasmus L.; Molina Santiago, Carlos; Tribelli, Paula MariaIcon ; Ramos, Juan Luis; Molin, Søren
Fecha de publicación: 04/2015
Editorial: Wiley
Revista: Environmental Microbiology Reports
ISSN: 1758-2229
Idioma: Inglés
Tipo de recurso: Artículo publicado
Clasificación temática:
Biología Celular, Microbiología

Resumen

RNA sequencing (RNA-seq) has revealed several hundreds of previously undetected small RNAs (sRNAs) in all bacterial species investigated, including strains of Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas putida and Pseudomonas syringae. Nonetheless, only little is known about the extent of conservation of expressed sRNAs across strains and species. In this study, we have used RNA-seq to identify sRNAs in P.putidaDOT-T1E and Pseudomonas extremaustralis 14-3b. This is the first strain of P.extremaustralis and the second strain of P.putida to have their transcriptomes analysed for sRNAs, and we identify the presence of around 150 novel sRNAs in each strain. Furthermore, we provide a comparison based on sequence conservation of all the sRNAs detected by RNA-seq in the Pseudomonas species investigated so far. Our results show that the extent of sRNA conservation across different species is very limited. In addition, when comparing the sRNAs expressed in different strains of the same species, we observe that numerous sRNAs exhibit a strain-specific expression pattern. These results support the idea that the evolution of most bacterial sRNAs is rapid, which limits the extent of both interspecies and intraspecies conservation.
Palabras clave: Pseudomonas , Small Rna
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Identificadores
URI: http://hdl.handle.net/11336/84361
DOI: http://dx.doi.org/10.1111/1758-2229.12233
URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1758-2229.12233
Colecciones
Articulos(IQUIBICEN)
Articulos de INSTITUTO DE QUIMICA BIOLOGICA DE LA FACULTAD DE CS. EXACTAS Y NATURALES
Citación
Gómez Lozano, María; Marvig, Rasmus L.; Molina Santiago, Carlos; Tribelli, Paula Maria; Ramos, Juan Luis; et al.; Diversity of small RNAs expressed in Pseudomonas species; Wiley; Environmental Microbiology Reports; 7; 2; 4-2015; 227-236
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