Molecular analysis of a fragment of bovine leukemia virus env gene by Nested-PCR in dairy cows from Pasto, Nariño

Abstract

Introducción: El diagnóstico de rutina para la leucosis bovina se realiza con pruebas serológicas indirectas, aunque se recomienda usar la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), que permite un diagnóstico confiable en fases iniciales y en animales jóvenes. Además, mediante la amplificación del ADN se pueden secuenciar fragmentos del virus, que permite identificar los genotipos presentes y construir árboles filogenéticos. Objetivo: Analizar un fragmento del gen env del virus de leucosis bovina (VLB) aislado de animales positivos a ELISA indirecta en fincas lecheras del municipio de Pasto, Nariño. Materiales y métodos: Una vez establecida la presencia del VLB en 48 animales mayores de dos años en siete fincas lecheras del municipio de Pasto mediante la prueba de ELISA indirecta, se realizó una prueba de PCR anidada para confirmar el diagnóstico y secuenciar un fragmento del gen env en los animales positivos y sus hijas. Las secuencias obtenidas se compararon con los siete genotipos descritos en el mundo mediante el programa MEGA 6. Resultados: Las secuencias de los fragmentos comparados no difieren de las descritas; pero permiten su agrupación en diferentes clústeres de acuerdo con su similitud. Los genotipos encontrados en estas fincas corresponden al genotipo 1 y 2 descritos en la literatura. Conclusiones: En las fincas con reposición propia y adecuadas medidas de bioseguridad solo se encontró un genotipo y en las fincas con menor control en las prácticas de manejo y de reposición se encontraron los dos genotipos descritos para la región.

Introduction: Routine diagnosis for bovine leukemia is performed using indirect serologic tests, although it is recommended to use polymerase chain reaction (PCR), which allows a reliable diagnosis in early stages and in young animals. Moreover, by amplifying the DNA, it is possible to sequence fragments of the virus, which allows to identify genotypes and to construct phylogenetic trees. Objective: To analyze a fragment of the env gene of bovine leukemia virus (BLV) isolated from indirect ELISA-positive animals in dairy farms in the municipality of Pasto (Nariño). Materials and methods: Once the presence of BLV was established in 48 animals over two years old in seven dairy farms in the municipality of Pasto by indirect ELISA test, a nested PCR test was performed to confirm diagnosis and to sequence a fragment of the env gene in positive animals and their daughters. The sequences obtained were compared with the seven genotypes described worldwide by MEGA 6 program. Results: The sequences of the compared fragments do not differ from those described but they allow their grouping into different clusters according to their similarity. The genotypes found in these farms correspond to genotype 1 and 2 described in the literature. Conclusions: Only one genotype was found on farms with proper recovery and adequate biosecurity measures, and on farms with less control in management and recovery practices, both genotypes described for the region were evident.

Introdução: O diagnóstico de rotina para a leucose bovina se realiza com provas serológicas indiretas, mesmo que se recomenda usar a reação em cadeia da polimerase (PCR), que permite um diagnóstico confiável em fases iniciais e em animais jovens. Além do mais, mediante a amplificação do ADN se podem sequenciar fragmentos do vírus, que permite identificar os genótipos presentes e construir árvores filogenéticas. Objetivo: Analisar um fragmento do gene env do vírus de leucose bovina (VLB) isolado de animais positivos a ELISA indireta em fazendas leiteiras do município de Pasto, Nariño. Materiais e métodos: Uma vez estabelecida a presença do VLB em 48 animais maiores de dois anos em sete fazendas leiteiras do município de Pasto mediante a prova de ELISA indireta, se realizou uma prova de PCR aninhada para confirmar o diagnóstico e sequenciar um fragmento do gene env nos animais positivos e suas filhas. As sequências obtidas foram compararam com os sete genótipos descritos no mundo mediante o programa MEGA 6. Resultados: As sequências dos fragmentos comparados não diferem das descritas; mas permitem a sua agrupação em diferentes clusters de acordo com sua similitude. Os genótipos encontrados nestas fazendas correspondem ao genótipo 1 e 2 descritos na literatura. Conclusões: Nas fazendas com reposição própria e adequadas medidas de biossegurança somente se encontrou um genótipo e nas fazendas com menos controle nas práticas de manejo e de reposição se encontraram os dois genótipos descritos para a região.