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dc.contributor
Costabel, Marcelo Daniel
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dc.contributor.author
Amundarain, María Julia
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dc.date.available
2019-08-02T19:20:30Z
dc.date.issued
2019-03-15
dc.identifier.citation
Amundarain, María Julia; Costabel, Marcelo Daniel; Estudio computacional del receptor GABAA α1β2γ2 y su interacción con moléculas de interés biológico en el sitio de unión de benzodiazepinas; 15-3-2019
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/80885
dc.description.abstract
Los receptores GABAA son canales iónicos activados por ligandos y funcionan como los principales mediadores de la inhibición en el sistema nervioso central de mamíferos. Están formados por cinco subunidades dispuestas alrededor de un poro central conductor de iones. Cada combinación de subunidades presenta una función y localización determinada, de las cuales el subtipo α1β2γ2 es el más abundante en el ser humano. Los receptores GABAA intervienen en una miríada de procesos neurológicos y su desregulación genera las denominadas canalopatías. Por lo cual, el estudio de estos sistemas es indispensable para el desarrollo de fármacos y de tratamientos para mejorar la calidad de vida. En este trabajo de tesis se propone el estudio in silico del receptor GABAA α1β2γ2 mediante el empleo de técnicas de bioinformática y biofísica computacional, que incluyen simulaciones de docking molecular, dinámica molecular y técnicas de muestreo avanzado. Se desarrolló un modelo por homologia del receptor empleando el receptor GABAA homopentámero de subunidades β3. El modelo fue validado a través de un cuidadoso análisis de su estereoquímica y su estabilidad mediante simulaciones de dinámica molecular. A continuación, se realizó un exhaustivo análisis de la unión de compuestos a dos sitios de unión en el dominio extracelular del modelo: el sitio ortostérico (donde se unen los ligandos que actúan directamente sobre la activación del canal) y el sitio de unión de gran afinidad de las benzodiazepinas (moduladores alostéricos). Los modos de unión encontrados fueron contrastados con información experimental disponible y se halló muy buena concordancia. El trabajo finalizó con el primer estudio computacional sobre la interacción putativa entre este receptor y la proteína DBI y fragmentos peptídicos derivados de su digestión. Este análisis permitió elaborar, por primera vez, una hipótesis respecto a los residuos involucrados en la interacción.
dc.description.abstract
GABAA receptors are pentameric ligand-gated ion channels which act as the main mediators of inhibitory signalling in the central nervous system of mammals. They are formed by ve subunits arranged around a central ion-conducting pore. Each combination of subunits has a specic function and localization, the α1β2γ2 subtype being the most abundant in homo sapiens. These receptors intervene in a myriad of neurological processes and their disregulation cause several channelopathies. Although they are very complex systems, their study is fundamental for the development of new drugs and therapies aimed at improving life quality. In this thesis we performed an in silico study of the α1β2γ2 GABAA receptor through the use of bioinformatics and computational biophysics tools, which include molecular docking, molecular dynamics and enhanced sampling techniques. A homology model was developed using the structure of the GABAA β3 homopentamer. The model was validated through a thorough analysis of its stereochemistry and its stabilitywas evaluated from molecular dynamics simulations. Moreover, an exhaustive evaluation of the binding modes of ligands to two extracellular sites was performed: the orthosteric site (ligands which act directly on the activation of the channel) and the high affinity binding site for benzodiazepines (allosteric modulators). The comparison of the binding modes to available experimental information showed great agreement. Finally, a computational study was carried out for the first time regarding the putative interaction of this receptor with DBI and its peptide fragments. This study allowed the formulation of the first hypotheses regarding the aminoacids involved in the interaction.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
spa
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Receptor Gabaa
dc.subject
Benzodiazepinas
dc.subject
Dbi
dc.subject
Modelado por Homología
dc.subject
Dinámica Molecular
dc.subject.classification
Física Atómica, Molecular y Química
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dc.subject.classification
Ciencias Físicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Estudio computacional del receptor GABAA α1β2γ2 y su interacción con moléculas de interés biológico en el sitio de unión de benzodiazepinas
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type
info:ar-repo/semantics/tesis doctoral
dc.date.updated
2019-07-10T13:43:58Z
dc.description.fil
Fil: Amundarain, María Julia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Física del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Física. Instituto de Física del Sur; Argentina
dc.relation.isreferencedin
info:eu-repo/semantics/reference/url/http://hdl.handle.net/11336/63307
dc.relation.isreferencedin
info:eu-repo/semantics/reference/doi/https://doi.org/10.1080/07391102.2018.1462733
dc.relation.isreferencedin
info:eu-repo/semantics/reference/doi/https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006082
dc.relation.isreferencedin
info:eu-repo/semantics/reference/doi/https://doi.org/10.4155/fmc-2018-0336
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://repositoriodigital.uns.edu.ar/handle/123456789/4534
dc.conicet.grado
Universitario de posgrado/doctorado
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dc.conicet.titulo
Doctora en Física
dc.conicet.rol
Autor
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dc.conicet.rol
Director
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dc.conicet.otorgante
Universidad Nacional del Sur. Departamento de Física
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