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dc.contributor.author
Bontempi, Iván
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dc.contributor.author
Bizai, María Laura
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dc.contributor.author
Ortiz, Sylvia
dc.contributor.author
Manattini, Silvia
dc.contributor.author
Fabbro, Diana Lucrecia
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dc.contributor.author
Solari, Aldo
dc.contributor.author
Diez, Cristina Noemí
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dc.date.available
2019-06-13T18:56:28Z
dc.date.issued
2016-09
dc.identifier.citation
Bontempi, Iván; Bizai, María Laura; Ortiz, Sylvia; Manattini, Silvia; Fabbro, Diana Lucrecia; et al.; Simple methodology to directly genotype Trypanosoma cruzi discrete typing units in single and mixed infections from human blood samples; Elsevier Science; Infection, Genetics and Evolution; 43; 9-2016; 123-129
dc.identifier.issn
1567-1348
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/78249
dc.description.abstract
Different DNA markers to genotype Trypanosoma cruzi are now available. However, due to the low quantity of parasites present in biological samples, DNA markers with high copy number like kinetoplast minicircles are needed. The aim of this study was to complete a DNA assay called minicircle lineage specific-PCR (MLS-PCR) previously developed to genotype the T. cruzi DTUs TcV and TcVI, in order to genotype DTUs TcI and TcII and to improve TcVI detection. We screened kinetoplast minicircle hypervariable sequences from cloned PCR products from reference strains belonging to the mentioned DTUs using specific kDNA probes. With the four highly specific sequences selected, we designed primers to be used in the MLS-PCR to directly genotype T. cruzi from biological samples. High specificity and sensitivity were obtained when we evaluated the new approach for TcI, TcII, TcV and TcVI genotyping in twenty two T. cruzi reference strains. Afterward, we compared it with hybridization tests using specific kDNA probes in 32 blood samples from chronic chagasic patients from North Eastern Argentina. With both tests we were able to genotype 94% of the samples and the concordance between them was very good (kappa = 0.855). The most frequent T. cruzi DTUs detected were TcV and TcVI, followed by TcII and much lower TcI. A unique T. cruzi DTU was detected in 18 samples meantime more than one in the remaining; being TcV and TcVI the most frequent association. A high percentage of mixed detections were obtained with both assays and its impact was discussed.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Elsevier Science
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Dtu
dc.subject
Genotype
dc.subject
Hybridization
dc.subject
Mixed Infections
dc.subject
Mls-Pcr
dc.subject
Trypanosoma Cruzi
dc.subject.classification
Otras Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Simple methodology to directly genotype Trypanosoma cruzi discrete typing units in single and mixed infections from human blood samples
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2019-05-27T19:34:32Z
dc.journal.volume
43
dc.journal.pagination
123-129
dc.journal.pais
Países Bajos
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dc.journal.ciudad
Amsterdam
dc.description.fil
Fil: Bontempi, Iván. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe; Argentina. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas. Laboratorio de Tecnología Inmunológica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Bizai, María Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe; Argentina. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas. Centro de Investigaciones sobre Endemias Nacionales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ortiz, Sylvia. Universidad de Chile; Chile
dc.description.fil
Fil: Manattini, Silvia. Provincia de Santa Fe. Hospital Central de Reconquista; Argentina
dc.description.fil
Fil: Fabbro, Diana Lucrecia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe; Argentina. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas. Centro de Investigaciones sobre Endemias Nacionales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Solari, Aldo. Universidad de Chile; Chile
dc.description.fil
Fil: Diez, Cristina Noemí. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe; Argentina. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas; Argentina
dc.journal.title
Infection, Genetics and Evolution
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134816301988
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1016/j.meegid.2016.05.026
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