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dc.contributor.author
Dumas, Victoria Gisel
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dc.contributor.author
Defelipe, Lucas Alfredo
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dc.contributor.author
Petruk, Ariel Alcides
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dc.contributor.author
Turjanski, Adrian
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dc.contributor.author
Marti, Marcelo Adrian
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dc.date.available
2016-10-26T21:36:54Z
dc.date.issued
2013-12
dc.identifier.citation
Dumas, Victoria Gisel; Defelipe, Lucas Alfredo; Petruk, Ariel Alcides; Turjanski, Adrian; Marti, Marcelo Adrian; QM/MM study of the C-C coupling reaction mechanism of CYP121, an essential Cytochrome p450 of Mycobacterium tuberculosis; Wiley; Proteins: Structure, Function And Genetics; 82; 6; 12-2013; 1004-1021
dc.identifier.issn
0887-3585
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/7816
dc.description.abstract
Among 20 p450s of Mycobacterium tuberculosis (Mt), CYP121 has received an outstanding interest, not only due to its essentiality for bacterial viability but also because it catalyzes an unusual carbon-carbon coupling reaction. Based on the structure of the substrate bound enzyme, several reaction mechanisms were proposed involving first Tyr radical formation, second Tyr radical formation, and C?C coupling. Key and unknown features, being the nature of the species that generate the first and second radicals, and the role played by the protein scaffold each step. In the present work we have used classical and quantum based computer simulation methods to study in detail its reaction mechanism. Our results show that substrate binding promotes formation of the initial oxy complex, Compound I is the responsible for first Tyr radical formation, and that the second Tyr radical is formed subsequently, through a PCET reaction, promoted by the presence of key residue Arg386. The final C-C coupling reaction possibly occurs in bulk solution, thus yielding the product in one oxygen reduction cycle. Our results thus contribute to a better comprehension of MtCYP121 reaction mechanism, with direct implications for inhibitor design, and also contribute to our general understanding of these type of enzymes.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Wiley
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Cyp121
dc.subject
Mycobacterium Tuberculosis
dc.subject
Qm/Mm
dc.subject
Cytochrome P450
dc.subject
Cyclo-Di-Tyrosine
dc.subject
Reaction Mecanism
dc.subject
Molecular Dynamics
dc.subject
Electron Transfer
dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
QM/MM study of the C-C coupling reaction mechanism of CYP121, an essential Cytochrome p450 of Mycobacterium tuberculosis
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2016-10-25T19:29:09Z
dc.journal.volume
82
dc.journal.number
6
dc.journal.pagination
1004-1021
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.journal.ciudad
New York
dc.description.fil
Fil: Dumas, Victoria Gisel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de Los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Defelipe, Lucas Alfredo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de Los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Petruk, Ariel Alcides. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.description.fil
Fil: Turjanski, Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de Los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Marti, Marcelo Adrian. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.journal.title
Proteins: Structure, Function And Genetics
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.24474/abstract
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1002/prot.24474
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