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dc.contributor.author
El Mujtar, Verónica Andrea
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dc.contributor.author
López, María Gabriela
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dc.contributor.author
Amalfi, Sabrina
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dc.contributor.author
Pomponio, María Florencia
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dc.contributor.author
Marcucci Poltri, Susana Noemí
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dc.contributor.author
Torales, Susana
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dc.date.available
2019-03-26T22:57:18Z
dc.date.issued
2017-07
dc.identifier.citation
El Mujtar, Verónica Andrea; López, María Gabriela; Amalfi, Sabrina; Pomponio, María Florencia; Marcucci Poltri, Susana Noemí; et al.; Characterisation and transferability of transcriptomic microsatellite markers for Nothofagus species; Royal Society of New Zealand; New Zealand Journal of Botany; 55; 3; 7-2017; 347-356
dc.identifier.issn
0028-825X
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/72615
dc.description.abstract
Discriminant molecular markers are required for research on population genetics, as well as evolutionary studies involving identification of hybrids and parental species, or detection of the genome regions under selection. We provide a set of 27 transcriptomic microsatellite markers (SSRs) for South American Nothofagus species, derived from 73 Nothofagus alpina (=N. nervosa) annotated unigenes. Rates of cross-amplification ranged from 22% to 37%. Genetic characterisation of 22 transcriptomic SSRs for N. alpina and N. obliqua reveals low genetic variability, due to the general occurrence of one major allele at each locus, and high specificity, with few alleles shared between species (14%). At inter-species level 95% of loci were discriminant, with a total G''st over loci of 0.9, indicating that alleles were mostly fixed for all loci in both species. At intra-species level the number of markers with significant differentiation was 2.5 times higher for N. obliqua than for N. alpina populations. Moreover, transcriptomic SSRs showed higher performance compared with published anonymous microsatellites isolated from genome sequences without annotation. This set of transcriptomic microsatellites will be useful to the scientific community working on conservation and evolutionary aspects of Nothofagus species.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Royal Society of New Zealand
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Cross-Amplification
dc.subject
Discriminant Markers
dc.subject
Microsatellites
dc.subject
Nothofagus Alpina
dc.subject
Nothofagus Obliqua
dc.subject.classification
Otras Biotecnología Agropecuaria
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dc.subject.classification
Biotecnología Agropecuaria
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dc.subject.classification
CIENCIAS AGRÍCOLAS
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dc.title
Characterisation and transferability of transcriptomic microsatellite markers for Nothofagus species
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2019-03-26T14:11:41Z
dc.identifier.eissn
1175-8643
dc.journal.volume
55
dc.journal.number
3
dc.journal.pagination
347-356
dc.journal.pais
Nueva Zelanda
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dc.description.fil
Fil: El Mujtar, Verónica Andrea. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Patagonia Norte. Estación Experimental Agropecuaria San Carlos de Bariloche; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: López, María Gabriela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación de Recursos Naturales. Instituto de Recursos Biológicos; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Amalfi, Sabrina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Pomponio, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación de Recursos Naturales. Instituto de Recursos Biológicos; Argentina
dc.description.fil
Fil: Marcucci Poltri, Susana Noemí. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Torales, Susana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación de Recursos Naturales. Instituto de Recursos Biológicos; Argentina
dc.journal.title
New Zealand Journal of Botany
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/0028825X.2017.1340310
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1080/0028825X.2017.1340310
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