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dc.contributor.author
Bolcic, Federico Martin
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dc.contributor.author
Sede, Mariano Miguel
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dc.contributor.author
Moretti, Franco
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dc.contributor.author
Westergaard, G.
dc.contributor.author
Vazquez, Martin Pablo
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dc.contributor.author
Laufer, Natalia Lorna
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dc.contributor.author
Quarleri, Jorge Fabian
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dc.date.available
2019-01-11T16:09:29Z
dc.date.issued
2012-04
dc.identifier.citation
Bolcic, Federico Martin; Sede, Mariano Miguel; Moretti, Franco; Westergaard, G.; Vazquez, Martin Pablo; et al.; Analysis of the PKR-eIF2alpha phosphorylation homology domain (PePHD) of hepatitis C virus genotype 1 in HIV-coinfected patients by ultra-deep pyrosequencing and its relationship to responses to pegylated interferon-ribavirin treatment; Springer Wien; Archives of Virology; 157; 4; 4-2012; 703-711
dc.identifier.issn
0304-8608
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/67927
dc.description.abstract
Chronic coinfection with hepatitis C virus (HCV) and human immunodeficiency virus (HIV) is among the greatest challenges facing public health worldwide. In this population, the response to hepatitis C therapy by treatment with pegylated interferon plus ribavirin (PEG-IFN+RBV) is lower than in HCV-monoinfected patients, particularly in those infected by HCV genotype 1. A PKR/eIF-2α phosphorylation homology domain (PePHD) within the E2 protein has been found to interact with PKR and inhibit PKR in vitro, suggesting a possible mechanism for HCV to evade the antiviral effects of IFN. The aim of this work was to analyze the amino acid conservation in the HCV-E2-PePHD and quasispecies diversity among HCV-HIV-coinfected patients exhibiting sustained virological response, non-response, or partial response with viral relapse to PEG-IFN+RBV by ultra-deep pyrosequencing. For this purpose, HCV-E2-PePHD PCR products were generated and sequenced directly for four patients with a sustained response, seven patients with no virological response, and four patients with viral relapse before and after treatment with PEG-IFN+RBV. HCV-E2-PePHD amino acid sequences were obtained for isolates from serum collected before and during treatment (24 h, 4 weeks, and 12 weeks). Quasispecies analysis of the HCV-E2-PePHD and flanking genomic regions was performed using 454/Roche pyrosequencing, analyzing 39,364 sequence reads in total. The HCV-E2-PePHD sequence at the amino acid and nucleotide level was highly conserved among HCV genotype 1 strains, irrespective of the PEG-IFN+RBV response. This high degree of amino acid conservation and sporadic mutations in the HCV-E2-PePHD domain do not appear to be associated with treatment outcome. The HCV-E2-PePHD sequence before or during treatment cannot be used to predict reliably the outcome of treatment in patients coinfected with HCV genotype 1 and HIV. © 2012 Springer-Verlag.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Springer Wien
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Pyrosequencing
dc.subject.classification
Otras Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Analysis of the PKR-eIF2alpha phosphorylation homology domain (PePHD) of hepatitis C virus genotype 1 in HIV-coinfected patients by ultra-deep pyrosequencing and its relationship to responses to pegylated interferon-ribavirin treatment
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2019-01-02T19:50:42Z
dc.journal.volume
157
dc.journal.number
4
dc.journal.pagination
703-711
dc.journal.pais
Austria
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dc.journal.ciudad
Viena
dc.description.fil
Fil: Bolcic, Federico Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Microbiología. Centro Nacional de Referencia para el Sida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Sede, Mariano Miguel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Microbiología. Centro Nacional de Referencia para el Sida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Moretti, Franco. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Westergaard, G.. Instituto de Agrobiotecnología Rosario; Argentina
dc.description.fil
Fil: Vazquez, Martin Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto de Agrobiotecnología Rosario; Argentina
dc.description.fil
Fil: Laufer, Natalia Lorna. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Microbiología. Centro Nacional de Referencia para el Sida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Quarleri, Jorge Fabian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Microbiología. Centro Nacional de Referencia para el Sida; Argentina
dc.journal.title
Archives of Virology
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://dx.doi.org/10.1007/s00705-012-1230-1
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://link.springer.com/article/10.1007/s00705-012-1230-1
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