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dc.contributor.author
Alvarez, Lautaro Damian
dc.contributor.author
Arroyo Mañez, Pau
dc.contributor.author
Estrin, Dario Ariel
dc.contributor.author
Burton, Gerardo
dc.date.available
2019-01-08T16:06:00Z
dc.date.issued
2012-07
dc.identifier.citation
Alvarez, Lautaro Damian; Arroyo Mañez, Pau; Estrin, Dario Ariel; Burton, Gerardo; The Caenorhabditis elegans DAF-12 nuclear receptor: Structure, dynamics, and interaction with ligands; Wiley-liss, Div John Wiley & Sons Inc; Proteins: Structure, Function And Genetics; 80; 7; 7-2012; 1798-1809
dc.identifier.issn
0887-3585
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/67643
dc.description.abstract
A structure for the ligand binding domain (LBD) of the DAF-12 receptor from Caenorhabditis elegans was obtained from the X-ray crystal structure of the receptor LBD from Strongyloides stercoralis bound to (25R)-Δ7-dafachronic acid (DA) (pdb:3GYU). The model was constructed in the presence of the ligand using a combination of Modeller, Autodock, and molecular dynamics (MD) programs, and then its dynamical behavior was studied by MD. A strong ligand binding mode (LBM) was found, with the three arginines in the ligand binding pocket (LBP) contacting the C-26 carboxylate group of the DA. The quality of the ceDAF-12 model was then evaluated by constructing several ligand systems for which the experimental activity is known. Thus, the dynamical behavior of the ceDAF-12 complex with the more active (25S)-Δ7-DA showed two distinct binding modes, one of them being energetically more favorable compared with the 25R isomer. Then the effect of the Arg564Cys and Arg598Met mutations on the (25R)-Δ7-DA binding was analyzed. The MD simulations showed that in the first case the complex was unstable, consistent with the lack of transactivation activity of (25R)-Δ7-DA in this mutant. Instead, in the case of the Arg598Met mutant, known to produce a partial loss of activity, our model predicted smaller effects on the LBM with a more stable MD trajectory. The model also showed that removal of the C-25 methyl does not impede the simultaneous strong interaction of the carboxylate with the three arginines, predicting that 27-nor-DAs are putative ceDAF-12 ligands. © 2012 Wiley Periodicals, Inc.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Wiley-liss, Div John Wiley & Sons Inc
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
C. Elegans
dc.subject
Dafachronic Acid
dc.subject
Molecular Dynamics
dc.subject
Nuclear Receptor, Daf-12
dc.subject.classification
Otras Ciencias Químicas
dc.subject.classification
Ciencias Químicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
The Caenorhabditis elegans DAF-12 nuclear receptor: Structure, dynamics, and interaction with ligands
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2019-01-02T19:12:34Z
dc.journal.volume
80
dc.journal.number
7
dc.journal.pagination
1798-1809
dc.journal.pais
Estados Unidos
dc.journal.ciudad
Nueva York
dc.description.fil
Fil: Alvarez, Lautaro Damian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Orgánica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias; Argentina
dc.description.fil
Fil: Arroyo Mañez, Pau. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Orgánica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Estrin, Dario Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Orgánica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Burton, Gerardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Orgánica; Argentina
dc.journal.title
Proteins: Structure, Function And Genetics
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://dx.doi.org/10.1002/prot.24076
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/prot.24076


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