Comparación de métodos de extracción de ADN para el género Astylus (Coleoptera: Melyridae).

Abstract

Una extracción exitosa de ADN es fundamental para el progreso de estudios biológicos que incluyen identificación molecular, inferencia filogenética y genómica así como análisis de secuencias. Si bien los métodos de extracción de ácidos nucleicos son universales, ellos deben ser ajustados de acuerdo a las características de cada taxón estudiado. El objetivo del presente trabajo es comparar métodos de extracción de ADN y orientar en la elección del protocolo más conveniente según las capacidades de cada laboratorio. Se evaluaron cuatro métodos de extracción de ADN de ejemplares del género Astylus atromaculatus (Coleoptera: Melyridae), tomando como indicadores la concentración y pureza del ADN extraído, la cantidad de material de par tida necesario y los costos económicos y de tiempo. Los métodos comparados fueron: 1) KIT comercial “HIGH Pure PCR Template Preparation Kit” ©Roche; 2) Precipitación salina con SDS; 3) Precipitación salina con CTAB y 4) Columnas de giro. Los cuatro métodos dieron resultados positivos en cuanto a cantidad y calidad de ADN; respecto al material de partida óptimo las muestras de medio abdomen y un segmento de pata fueron las de mayor rendimiento. El protocolo de CTAB brindó mejores resultados de concentración y pureza. Los protocolos de SDS y COLUMNAS DE GIRO produjeron valores intermedios de concentración y pureza, destacándose el último por su bajo costo económico. El KIT comercial fue el de menor rendimiento y mayor costo económico, pero a la vez fue el más rápido de ejecutar.

A successful extraction of DNA is fundamental for the progress of biological studies that include molecular identification, phylogenetic inference and genomics as well as sequences analyses. Although the methods of extraction of nucleic acids are universal, they must be adjusted according to the characteristics of each taxon studied. The aim of the present work is to compare DNA extraction methods and guide in the choice of the most convenient protocol according to the capacities of each laboratory. Four methods of DNA extraction were evaluated in the genus Astylus atromaculatus (Coleoptera: Melyridae) Taking as indicators DNA final concentration and quality, amount of starting material and, cost and time required. The evaluated methods were: 1) Commercial “HIGH Pure PCR Template Preparation Kit” ©Roche; 2) Saline precipitation method with SDS; 3) Saline precipitation method with CTAB and 4) Spin columns method. The four methods showed positive results regarding to the quantity and quality of DNA; with respect to star ting material, the best result was provided by half abdomen and one segment of the leg. CTAB method was the best according to the concentration and quality of the DNA. SDS and SPIN COLUMNS methods showed intermediate values of concentration and purity, standing out the SPIN COLUMNS for its low cost. KIT extraction method showed the lower performance but the faster method.