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Artículo

Diversity, distribution and dynamics of full-length Copia and Gypsy LTR retroelements in Solanum lycopersicum

Paz, Rosalia CristinaIcon ; Kozaczek, Melina Eliana; Rosli, Hernan GuillermoIcon ; Andino, Natalia del PilarIcon ; Sánchez Puerta, María VirginiaIcon
Fecha de publicación: 10/2017
Editorial: Springer
Revista: Genetica
ISSN: 0016-6707
Idioma: Inglés
Tipo de recurso: Artículo publicado

Resumen

Transposable elements are the most abundant components of plant genomes and can dramatically induce genetic changes and impact genome evolution. In the recently sequenced genome of tomato (Solanum lycopersicum), the estimated fraction of elements corresponding to retrotransposons is nearly 62%. Given that tomato is one of the most important vegetable crop cultivated and consumed worldwide, understanding retrotransposon dynamics can provide insight into its evolution and domestication processes. In this study, we performed a genome-wide in silico search of full-length LTR retroelements in the tomato nuclear genome and annotated 736 full-length Gypsy and Copia retroelements. The dispersion level across the 12 chromosomes, the diversity and tissue-specific expression of those elements were estimated. Phylogenetic analysis based on the retrotranscriptase region revealed the presence of 12 major lineages of LTR retroelements in the tomato genome. We identified 97 families, of which 77 and 20 belong to the superfamilies Copia and Gypsy, respectively. Each retroelement family was characterized according to their element size, relative frequencies and insertion time. These analyses represent a valuable resource for comparative genomics within the Solanaceae, transposon-tagging and for the design of cultivar-specific molecular markers in tomato.
Palabras clave: Expression , Family Delimitation , Full Length Ltr Retroelements , Insertion Time , Phylogeny , Solanum Lycopersicum
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Tamaño: 1.285Mb
Formato: PDF
Descripción: Acceso abierto en enlace propuesto
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info:eu-repo/semantics/restrictedAccess Excepto donde se diga explícitamente, este item se publica bajo la siguiente descripción: Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 2.5 Unported (CC BY-NC-SA 2.5)
Identificadores
URI: http://hdl.handle.net/11336/64879
URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s10709-017-9977-7
DOI: https://dx.doi.org/10.1007/s10709-017-9977-7
Colecciones
Articulos(CIGEOBIO) [202]
Articulos de CENTRO DE INVESTIGACIONES DE LA GEOSFERA Y BIOSFERA
Articulos(IBAM) [284]
Articulos de INST.DE BIOLOGIA AGRICOLA DE MENDOZA
Articulos(INFIVE) [161]
Articulos de INST.DE FISIOLOGIA VEGETAL
Citación
Paz, Rosalia Cristina; Kozaczek, Melina Eliana; Rosli, Hernan Guillermo; Andino, Natalia del Pilar; Sánchez Puerta, María Virginia; Diversity, distribution and dynamics of full-length Copia and Gypsy LTR retroelements in Solanum lycopersicum; Springer; Genetica; 145; 4-5; 10-2017; 417-430
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