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dc.contributor.author Sookoian, Silvia Cristina
dc.contributor.author Rohr, Cristian Oscar
dc.contributor.author Salatino, Adrián Emanuel
dc.contributor.author Dopazo, Hernán Javier
dc.contributor.author Fernández Gianotti, Tomás
dc.contributor.author Castaño, Gustavo Osvaldo
dc.contributor.author Pirola, Carlos José
dc.date.available 2018-11-06T18:16:30Z
dc.date.issued 2017-02-11
dc.identifier.citation Sookoian, Silvia Cristina; Rohr, Cristian Oscar; Salatino, Adrián Emanuel; Dopazo, Hernán Javier; Fernández Gianotti, Tomás; et al.; Genetic variation in long noncoding RNAs and the risk of nonalcoholic fatty liver disease; Impact Journals LLC; Oncotarget; 8; 14; 11-2-2017; 22917-22926
dc.identifier.issn 1949-2553
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/11336/63787
dc.description.abstract The human transcriptome comprises a myriad of non protein-coding RNA species, including long noncoding RNAs (lncRNAs), which have a remarkable role in transcriptional and epigenetic regulation. We hypothesized that variants in lncRNAs influence the susceptibility to nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD). Using next generation sequencing, we performed a survey of genetic variation associated with randomly selected lncRNA-genomic regions located within both experimentally validated and computationally predicted regulatory elements. We used a two-stage (exploratory, n = 96 and replication, n = 390) case-control approach that included well-characterized patients with NAFLD diagnosed by liver biopsy. We sequenced > 263 megabase pairs at quality score > Q17, in a total of 2,027,565 reads, including 170 lncRNA-genomic regions. In the sequencing analysis and the validated dataset, we found that the rs2829145 A/G located in a lncRNA (lnc-JAM2-6) was associated with NAFLD and the disease severity. Prediction of regulatory elements in lnc-JAM2-6 showed potential sequence-specific binding motifs of oncogenes MAFK and JUND, and the transcription factor CEBPB that is involved in inflammatory response. The A-allele was significantly associated with NAFLD as disease trait (p = 0.0081) and the disease severity (NASH-nonalcoholic steatohepatitis vs. controls: OR 2.36 [95% CI: 1.54-3.62], p = 0.000078). The A-allele carriers also have significantly higher body mass index and glucose-related traits compared with homozygous GG. Hence, our results suggest that variation in lncRNAs contributes to NAFLD severity, while pointing toward the complexity of the genetic component of NAFLD, which involves still unexplored regulatory regions of the genome.
dc.format application/pdf
dc.language.iso eng
dc.publisher Impact Journals LLC
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject EPIGENETICS
dc.subject GENE EXPRESSION
dc.subject LNCRNAS
dc.subject NAFLD
dc.subject NONALCOHOLIC STEATOHEPATITIS
dc.subject.classification Otras Ciencias Biológicas
dc.subject.classification Ciencias Biológicas
dc.subject.classification CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title Genetic variation in long noncoding RNAs and the risk of nonalcoholic fatty liver disease
dc.type info:eu-repo/semantics/article
dc.type info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated 2018-10-23T19:48:44Z
dc.journal.volume 8
dc.journal.number 14
dc.journal.pagination 22917-22926
dc.journal.pais Estados Unidos
dc.journal.ciudad Albany
dc.description.fil Fil: Sookoian, Silvia Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina
dc.description.fil Fil: Rohr, Cristian Oscar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil Fil: Salatino, Adrián Emanuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina
dc.description.fil Fil: Dopazo, Hernán Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil Fil: Fernández Gianotti, Tomás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina
dc.description.fil Fil: Castaño, Gustavo Osvaldo. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital "Dr. Abel Zubizarreta"; Argentina
dc.description.fil Fil: Pirola, Carlos José. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina
dc.journal.title Oncotarget
dc.relation.alternativeid info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://dx.doi.org/10.18632/oncotarget.15286
dc.relation.alternativeid info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://www.oncotarget.com/index.php?journal=oncotarget&page=article&op=view&path[]=15286&path[]=48863
dc.conicet.fuente unificacion


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