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dc.contributor.author
Sookoian, Silvia Cristina
dc.contributor.author
Rohr, Cristian Oscar
dc.contributor.author
Salatino, Adrián Emanuel
dc.contributor.author
Dopazo, Hernán Javier
dc.contributor.author
Fernández Gianotti, Tomás
dc.contributor.author
Castaño, Gustavo Osvaldo
dc.contributor.author
Pirola, Carlos José
dc.date.available
2018-11-06T18:16:30Z
dc.date.issued
2017-02-11
dc.identifier.citation
Sookoian, Silvia Cristina; Rohr, Cristian Oscar; Salatino, Adrián Emanuel; Dopazo, Hernán Javier; Fernández Gianotti, Tomás; et al.; Genetic variation in long noncoding RNAs and the risk of nonalcoholic fatty liver disease; Impact Journals LLC; Oncotarget; 8; 14; 11-2-2017; 22917-22926
dc.identifier.issn
1949-2553
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/63787
dc.description.abstract
The human transcriptome comprises a myriad of non protein-coding RNA species, including long noncoding RNAs (lncRNAs), which have a remarkable role in transcriptional and epigenetic regulation. We hypothesized that variants in lncRNAs influence the susceptibility to nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD). Using next generation sequencing, we performed a survey of genetic variation associated with randomly selected lncRNA-genomic regions located within both experimentally validated and computationally predicted regulatory elements. We used a two-stage (exploratory, n = 96 and replication, n = 390) case-control approach that included well-characterized patients with NAFLD diagnosed by liver biopsy. We sequenced > 263 megabase pairs at quality score > Q17, in a total of 2,027,565 reads, including 170 lncRNA-genomic regions. In the sequencing analysis and the validated dataset, we found that the rs2829145 A/G located in a lncRNA (lnc-JAM2-6) was associated with NAFLD and the disease severity. Prediction of regulatory elements in lnc-JAM2-6 showed potential sequence-specific binding motifs of oncogenes MAFK and JUND, and the transcription factor CEBPB that is involved in inflammatory response. The A-allele was significantly associated with NAFLD as disease trait (p = 0.0081) and the disease severity (NASH-nonalcoholic steatohepatitis vs. controls: OR 2.36 [95% CI: 1.54-3.62], p = 0.000078). The A-allele carriers also have significantly higher body mass index and glucose-related traits compared with homozygous GG. Hence, our results suggest that variation in lncRNAs contributes to NAFLD severity, while pointing toward the complexity of the genetic component of NAFLD, which involves still unexplored regulatory regions of the genome.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Impact Journals LLC
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Epigenetics
dc.subject
Gene Expression
dc.subject
Lncrnas
dc.subject
Nafld
dc.subject
Nonalcoholic Steatohepatitis
dc.subject.classification
Otras Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Genetic variation in long noncoding RNAs and the risk of nonalcoholic fatty liver disease
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-10-23T19:48:44Z
dc.journal.volume
8
dc.journal.number
14
dc.journal.pagination
22917-22926
dc.journal.pais
Estados Unidos
dc.journal.ciudad
Albany
dc.description.fil
Fil: Sookoian, Silvia Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Rohr, Cristian Oscar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Salatino, Adrián Emanuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Dopazo, Hernán Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Fernández Gianotti, Tomás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Castaño, Gustavo Osvaldo. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital "Dr. Abel Zubizarreta"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Pirola, Carlos José. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina
dc.journal.title
Oncotarget
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://dx.doi.org/10.18632/oncotarget.15286
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://www.oncotarget.com/index.php?journal=oncotarget&page=article&op=view&path[]=15286&path[]=48863


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